Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
iduzel: 52790
idvazba: 60796
šablona: api_html
čas: 16.10.2021 08:39:28
verze: 4927
uzivatel:
remoteAPIs: https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/pracoviste/
branch: trunk
Obnovit | RAW

Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Vypsané disertační práce

3D superrezoluční mikroskopie ultramorfologie mitochondrií

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: RNDr. Petr Ježek, CSc.

Anotace

3D nanoskopie dosud nebyla s to postihnout morfologii mitochondriálních krist a nukleoidů (proteinových komplexů s mtDNA). Vyvineme nové metodiky 3D superrezoluční mikroskopie na prototypu 3D mikroskopu firmy Vutara (dnes součást firmy Bruker) pro stochastickou mikroskopii PALM a dSTORM s rozlišením xy 25 nm a z 50 nm. Zavedeme nové typy analýz 3D obrazu reflektující nm změny v morfologii krist a 3D-redistribuci proteinů ovlivňujících mitochondriální kristy za normálních či patologických stavů (diabetes). Pro analýzu 3D obrazů vyvineme nové postupy založené na využití Ripleyho K-funkce a Delaunay algoritmu. Rozvineme také 3D imunocytochemii typu dSTORM s tzv. nanobodies a FRETem excitovaný PALM/dSTORM. Zahájíme novou generaci superrezoluční 3D mikroskopie. Analogicky prostudujeme nukleoidy mitochondriální DNA při zvýšené či snížené biogenezi (fyziologické, patologické), při jejich dělení zejména vlastní metodou mitoFISH nanoskopie pro počítání tzv. D-loops (počátků replikace mtDNA). Uměle nastavíme velikost nukleoidů či jejich obsah mtDNA. Využijeme též STED mikroskopie. Získáme tak nové protokoly pro 3D nanoskopii a zkombinujeme molekulární biologii a fyziologii buňky s nejmodernější 3D superrezoluční mikroskopií. Molekulární biologii zajistí pracovníci odd. 75 FgÚ AV ČR, v.v.i.

Charakterizace raného postnatálního vývoje s využitím biobanky tkání lidských novorozenců

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: MUDr. Jan Kopecký, DrSc.

Anotace

Časné postnatální období je důležité nejen pro rozvoj klíčových fyziologických funkcí novorozenců, ale i pro naprogramování metabolických rysů, které se mohou projevit až během dospívaní nebo později. Je k dispozici biobanka tkání lidských novorozenců, většinou předčasně narozených dětí, které zemřely různě dlouhou dobu po porodu. Probíhá charakterizace transkriptomu v tkáních s využitím RNA sekvenační analýzy. Projekt bude zaměřen na analýzu dat s cílem odhalit různé aspekty raného lidského vývoje a jeho kontroly, a to i ve vztahu k patologickým stavům. Hlavní experimentální součástí projektu budou modelové pokusy na myších. Projekt bude probíhat v úzké spolupráci mezi oddělením Biologie tukové tkáně Fyziologického ústavu AV ČR (http://www.fgu.cas.cz/en/departments/adipose-tissue-biology) a Ústavem dědičných metabolických poruch 1. Lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze (http://udmp.lf1.cuni.cz/en/genomics-and-bioinformatics-laboratory). Základní doktorské stipendium bude navýšeno pracovním úvazkem ve Fyziologickém ústavu.

Kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií pro metabolomické a lipidomické studie

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Během posledního desetiletí se metabolomika a lipidomika využívající hmotnostní spektrometrii staly klíčovými disciplínami v analýze polárních metabolitů a komplexních lipidů v biologických systémech. Kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) je nejčastěji používanou technikou v metabolomice a lipidomice umožňující účinnou separaci a detekci širokého spektra metabolitů. Stále však chybí dostatečné informace o složení metabolomu a lipidomu kapalných materiálů (plazma, sérum, moč) a různých tkání, které mohou být snadno dostupné a použitelné pro budoucí studie. Disertační práce bude zaměřena na (i) slučování cílených a necílených metabolomických a lipidomických metod, (ii) standardizaci metod a (iii) zvýšení rozsahu a pokrytí metod pro metabolomické a lipidomické studie (např. diabetes mellitus, cirkadiánní rytmy). Práce bude realizována na Fyziologickém ústavu AV ČR, v.v.i. a finančně zajištěna projekty GAČR, MŠMT a AZV.

Komplexní charakterizace transkriptomu a proteomu v tkáních lidských novorozenců

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní program: Bioinformatika
Vedoucí práce: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace

Časné postnatální období je důležité nejen pro rozvoj klíčových fyziologických funkcí novorozenců, ale i pro naprogramování metabolických rysů, které se mohou projevit až během dospívaní nebo později. Je k dispozici biobanka tkání lidských novorozenců, většinou předčasně narozených dětí, které zemřely různě dlouhou dobu po porodu. Probíhá charakterizace transkriptomu (RNAseq) a proteomu v tkáních. Projekt je zaměřen na analýzu dat s cílem odhalit různé aspekty raného lidského vývoje a jeho kontroly. Projekt bude probíhat v úzké spolupráci mezi laboratoří Biologie tukové tkáně Fyziologického ústavu AV ČR (http://www.fgu.cas.cz/en/departments/adipose-tissue-biology ), Ústavem dědičných metabolických poruch 1. Lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze (http://udmp.lf1.cuni.cz/en/genomics-and-bioinformatics-laboratory ) a Oddělením genomiky a bioinformatiky na Ústavu molekulární genetiky AV ČR (https://www.img.cas.cz/vyzkum/michal-kolar/).

Metabolomika biologických systémů pomocí hmotnostní spektrometrie

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Necílené metabolomické metody se zaměřují na analýzu všech detekovatelných metabolitů ve vzorku, včetně doposud neidentifikovaných metabolitů. Kapalinová chromatografie ve spojení s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) je nejčastěji používanou technikou v metabolomice umožňující účinnou separaci a detekci širokého spektra metabolitů. Až 80 % všech detekovaných signálů z necílené metabolomické analýzy představují neidentifikované metabolity. Tato překážka tak brání smysluplným interpretacím v biomedicínském a biologickém výzkumu. Disertační práce bude zaměřena na (i) zvýšení pokrytí spektrálních knihoven používaných pro anotaci metabolitů, (ii) aplikaci programů pro predikci „neznámých“ metabolitů a (iii) aplikaci programů pro vizualizaci a interpretaci dat získaných v rámci metabolomických studií (např. diabetes mellitus, cirkadiánní rytmy). Práce bude realizována na Fyziologickém ústavu AV ČR, v.v.i. a finančně zajištěna projekty GAČR, MŠMT a AZV.

Světlo konvertující nanočástice pro infračervenou fotodynamickou terapii tumorů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: RNDr. Petr Ježek, CSc.

Anotace

Nádorové bujení je často rezistentní k dlouhodobým monoterapiím. Pro překonání rezistence vyvineme nanočásticové systémy pro infračervenou terapii světlem (tzv. fotodynamickou terapii) či pro fotodynamickou terapii kombinovanou s možnostmi jejich zobrazení PET či pomocí NMR. Budeme proto studovat fotofyziku, a to zejména kinetiku dohasínání luminiscence luminescentních/paramagnetických nanočástic NaY(Gd)F4:Yb3+(Nd3+)/Er3+(Tm3+) pro upkonverzi světla z 980? 650/540 nm nebo 808?650 nm při absenci či za přítomnosti fotosenzitivní látky vytvářející singletní kyslík, tj. tzv. fotosenzitéru. Pro získání maximálního fotodynamického účinku upravíme optimální velikost nanočástic. Modifikací jejich povrchu polymery s různou tloušťkou zoptimalizujeme upkonverzi, imobilizací ftalocyaninu umožníme vznik singletního kyslíku a připojením adresujících peptidů zvýšíme internalizaci do buněk. Připojení chelatoru pro 64Cu umožní integrovat upkonverzi s PET zobrazováním. Preklinicky prostudujeme tvorbu singletního kyslíku a farmakokinetiku nanočástic na buňkách v tkáňových kulturách a na atomických nu/nu myších s xenotransplantovanými či vnitřními tumory. Práci s buňkami případně laboratorními zvířaty zajistí pracovníci odd. 75 FgÚ AV ČR, v.v.i. PET zajistí core pracoviště FgÚ AV ČR.


VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi