Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
iduzel: 52790
idvazba: 60796
šablona: api_html
čas: 16.10.2021 08:13:26
verze: 4927
uzivatel:
remoteAPIs: https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/pracoviste/
branch: trunk
Obnovit | RAW

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Vypsané disertační práce

Biologické strojové učení

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Bioinformatika, Bioinformatics
Vedoucí práce: Ing. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace

Naše laboratoř kombinuje špičkové experimentální (např. LC-MS, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. Bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy k vývoji rychlých, obecně použitelných pracovních postupů pro objevování a využívání bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Hledáme talentované a motivované výpočetní výzkumníky, kteří by se připojili k našemu týmu. Úspěšným kandidátem na tuto pozici bude vývoj modelů pro predikci enzymatických aktivit enzymů v biosyntetických drahách. Vzhledem k interdisciplinární povaze laboratoře bude tento projekt prováděn v úzké spolupráci s experimentálními výzkumníky, kteří budou generovat data pro trénink a ověřování modelu.

Enantioselektivní katalýza kontrolovaná helikální chiralitou

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: RNDr. Ivo Starý, CSc.

Anotace

Cílem Ph.D. projektu je příprava nových helikálně chirálních ligandů a komplexů kovů pro využití v enantioselektivní katalýze. Pozornost bude soustředěna na asymetrickou syntézu N-heterocyklických karbenů, cyklických (alkyl)(amino)karbenů a metallacyklů odvozených od helicenů. Tyto chirální ligandy/komplexy kovů budou využity ve vybraných enantioselektivních reakcích katalyzovaných tranzitními kovy jako například cykloisomerizaci alkynů, metathesi olefinů a hydrogenaci.

Heterocyklické inhibitory vybraných protein kinas

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Budou navrhovány a syntetizovány modifikované heterocyklické sloučeniny, jako inhibitory vybraných protein kinas, které jsou relevantními cíly pro potenciální terapeutika nádorových a neurodegenerativních onemocnění. Bude využita kombinace racionálního designu, syntézy kombinatoriálních knihoven a optimalizace aktivních látek.

Heterocyklické inhibitory vybraných protein kinas

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry

Anotace

Budou navrhovány a syntetizovány modifikované heterocyklické sloučeniny, jako inhibitory vybraných protein kinas, které jsou relevantními cíly pro potenciální terapeutika nádorových a neurodegenerativních onemocnění. Bude využita kombinace racionálního designu, syntézy kombinatoriálních knihoven a optimalizace aktivních látek.

Katepsinové proteasy v biomedicíně

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: RNDr. Michael Mareš, CSc.

Anotace

Projekt je zaměřen na proteolytické enzymy katepsinového typu, které se významně podílejí na patologiích a představují cílové molekuly pro terapii. Studovány budou katepsiny člověka a jeho patogenů a parazitů. Cílem projektu je analýza struktury a funkce katepsinů a vývoj nových inhibičních molekul pro jejich regulaci. Téma na rozhraní biochemie a molekulární biologie využívá zejména následující metodické přístupy: funkční proteomiku a chemickou genomiku, rekombinantní expresi proteinů, enzymologii, proteinovou krystalografii a molekulární modelování

Komplexní přístup ke strukturní analýze nových polycyklických diterpenů z termitů

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Termiti jsou skupina hmyzu s nejbohatším repertoárem obranných chemikálií. Jsou známí zejména výrobou zhruba sta různých polycyklických diterpenů s variabilní topologií dvojných vazeb v kombinaci s různými okysličenými skupinami připojenými k bi-, tri- a tetracyklickým diterpenovým kostrám. Navzdory rozsáhlému hledání nových termitových diterpenů v posledních desetiletích zůstává velká část jejich strukturálního bohatství neobjevená. Navrhovaný PhD. projekt se zaměřuje na chemickou diverzitu polycyklických diterpenů v takzvané skupině druhů Subulitermes z Jižní Ameriky, ve které jsme nedávno odhalili nečekaný repertoár struktur diterpenů. Projekt se bude zabývat diterpenovou rozmanitostí jako nástrojem pro chemickou taxonomii na jedné straně a příležitostí k úplné identifikaci struktur nových a komplexních přírodních sloučenin na straně druhé. Prvním cílem bude charakterizovat jednotlivé druhy na základě kombinace charakteristických chemických profilů s mitochondriálními sekvencemi DNA, identifikovat nové druhy, rozlišovat kryptické druhy a nakonec budovat fylogenetické hypotézy o jejich vztazích. Znalosti o celkové rozmanitosti diterpenu poslouží jako základ pro druhý cíl projektu, který bude kombinovat tradiční analytický pracovní tok s moderními přístupy a výpočetními nástroji, aby plně charakterizoval molekulární struktury v maximu detekovaných diterpenů. Toto téma a školitel podléhají schválení Vědeckou radou fakulty.

Komplexní přístup ke strukturní analýze nových polycyklických diterpenů z termitů

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry

Anotace

Termiti jsou skupina hmyzu s nejbohatším repertoárem obranných chemikálií. Jsou známí zejména výrobou zhruba sta různých polycyklických diterpenů s variabilní topologií dvojných vazeb v kombinaci s různými okysličenými skupinami připojenými k bi-, tri- a tetracyklickým diterpenovým kostrám. Navzdory rozsáhlému hledání nových termitových diterpenů v posledních desetiletích zůstává velká část jejich strukturálního bohatství neobjevená. Navrhovaný PhD. projekt se zaměřuje na chemickou diverzitu polycyklických diterpenů v takzvané skupině druhů Subulitermes z Jižní Ameriky, ve které jsme nedávno odhalili nečekaný repertoár struktur diterpenů. Projekt se bude zabývat diterpenovou rozmanitostí jako nástrojem pro chemickou taxonomii na jedné straně a příležitostí k úplné identifikaci struktur nových a komplexních přírodních sloučenin na straně druhé. Prvním cílem bude charakterizovat jednotlivé druhy na základě kombinace charakteristických chemických profilů s mitochondriálními sekvencemi DNA, identifikovat nové druhy, rozlišovat kryptické druhy a nakonec budovat fylogenetické hypotézy o jejich vztazích. Znalosti o celkové rozmanitosti diterpenu poslouží jako základ pro druhý cíl projektu, který bude kombinovat tradiční analytický pracovní tok s moderními přístupy a výpočetními nástroji, aby plně charakterizoval molekulární struktury v maximu detekovaných diterpenů.

Metoda krystalické houby

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace

Naše laboratoř kombinuje špičkové experimentální (např. LC-MS, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. Bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy k vývoji rychlých, obecně použitelných pracovních postupů pro objevování a využívání bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Hledáme talentovaného a motivovaného chemika se silnými zkušenostmi v rentgenové krystalografii s malými molekulami. Úspěšným kandidátem na tuto pozici bude vývoj protokolů pro metodu objasnění struktury „krystalické houby“ a jejich použití na různé rostlinné přírodní produkty, zejména terpeny. Toto téma a školitel podléhají schválení Vědeckou radou fakulty.

Modifikované DNAzymy a DNA origami

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Budou navrhovány a syntetizovány modifikované deoxyribonukleosid trifosfáty nesoucí funkční skupiny nebo ligandy pro komplexace kovů a budou použity pro enzymovou syntézu modifikovaných oligunukleotidů, které budou dále využity v selekci nebo konstrukci funkčních DNAzymů nebo DNA origami.

Modifikované DNAzymy a DNA origami

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry

Anotace

Budou navrhovány a syntetizovány modifikované deoxyribonukleosid trifosfáty nesoucí funkční skupiny nebo ligandy pro komplexace kovů a budou použity pro enzymovou syntézu modifikovaných oligunukleotidů, které budou dále využity v selekci nebo konstrukci funkčních DNAzymů nebo DNA origami.

Neplanární nekonvenční pi-elektronové systémy

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: RNDr. Irena Stará, CSc.

Anotace

Cílem Ph.D. projektu je vývoj syntetických přístupů ke komplexním π-elektronovým systémům, jakými jsou rozsáhlé aromáty. Pozornost bude věnována také syntéze jejich funkčních derivátů. U těchto unikátních molekul bude studováno jejich dynamické chování, chemická reaktivita, uspořádání v krystalu, 2D samoskladba, chiroptické (a jiné spektroskopické) vlastnosti stejně jako přenos náboje či spinu.

Nové deazapurinové nukleosidy a nukleotidy jako potenciální antivirotika a cytostatika

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Budou navrhovány a syntetizovány nové modifikované deazapurinové nukleosidy, nukleotidy a profarmaka jako nových inhibitorů polymeras a dalších enzymů nukleotidového metabolismu, popř. nových ligandů (agonistů či antagonistů) nukleotidových receptorů. Vybrané aktivní látky budou dále optimalizovány s cílem identifikace kandidátů na další preklinický vývoj potenciálních antivirotik či cytostatik.

Nové deazapurinové nukleosidy a nukleotidy jako potenciální antivirotika a cytostatika

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry

Anotace

Budou navrhovány a syntetizovány nové modifikované deazapurinové nukleosidy, nukleotidy a profarmaka jako nových inhibitorů polymeras a dalších enzymů nukleotidového metabolismu, popř. nových ligandů (agonistů či antagonistů) nukleotidových receptorů. Vybrané aktivní látky budou dále optimalizovány s cílem identifikace kandidátů na další preklinický vývoj potenciálních antivirotik či cytostatik.

Návrh a příprava inhibitorů purin-nukleosid fosforylázy – SAR studie

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Zlatko Janeba, Ph.D.

Anotace

Nedávno jsme připravili nový typ acyklických nukleosidfosfonátů, jež jsou účinnými inhibitory lidské purin-nukleosid fosforylázy (hPNP). Takové látky mohou být využity při léčbě T-buněčných leukémií. Pro výběr vhodného preklicnického kandidáta je potřeba připravit větší sérii derivátů a otestovat jejich biologické vlastnosti. Bude vyvinuta a optimalizována jejich syntéza.

Návrh a příprava inhibitorů purin-nukleosid fosforylázy – SAR studie

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Ing. Zlatko Janeba, Ph.D.

Anotace

Nedávno jsme připravili nový typ acyklických nukleosidfosfonátů, jež jsou účinnými inhibitory lidské purin-nukleosid fosforylázy (hPNP). Takové látky mohou být využity při léčbě T-buněčných leukémií. Pro výběr vhodného preklicnického kandidáta je potřeba připravit větší sérii derivátů a otestovat jejich biologické vlastnosti. Bude vyvinuta a optimalizována jejich syntéza.

Návrh a příprava nových fotopřepínačů odvozených od heteroarylazobenzenů a bis-azobenzenů

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Zlatko Janeba, Ph.D.

Anotace

Nedávno jsme publikovali syntézu vhodně substituovaných 5-fenylazopyrimidinů (viz citace). Jejich fyzikálně-chemické vlastnosti byly studovány pomocí in situ NMR spektroskopie a optické spektroskopie. Cílem současného projektu bude syntéza nových molekulárních fotopřepínačů založených na kombinaci bis-azobenzenů a pyrimidinu (a jiných heterocyklů), zejména bis(pyrimidyldiazenyl)benzenů. Bude vyvinuta a optimalizována jejich syntéza a budou studovány jejich fyzikálně-chemické vlastnosti.

Návrh a příprava nových fotopřepínačů odvozených od heteroarylazobenzenů a bis-azobenzenů

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Ing. Zlatko Janeba, Ph.D.

Anotace

Nedávno jsme publikovali syntézu vhodně substituovaných 5-fenylazopyrimidinů (viz citace). Jejich fyzikálně-chemické vlastnosti byly studovány pomocí in situ NMR spektroskopie a optické spektroskopie. Cílem současného projektu bude syntéza nových molekulárních fotopřepínačů založených na kombinaci bis-azobenzenů a pyrimidinu (a jiných heterocyklů), zejména bis(pyrimidyldiazenyl)benzenů. Bude vyvinuta a optimalizována jejich syntéza a budou studovány jejich fyzikálně-chemické vlastnosti.

Návrh a příprava nových proléčiv acyklických nukleosidfosfonátů

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Zlatko Janeba, Ph.D.

Anotace

Acyklické nukleosidfosfonáty tvoří významnou skupinu antivirotik. Fosfonátová skupina je při fyziologickém pH deprotonována a ANPs jsou příliš polární na to, aby efektivně pronikaly do buněk. Proléčiva odvozená od ANPs umožňují tento problém obejít. Cílem projektu bude návrh, syntéza a studium nových proléčiv ANPs.

Návrh a příprava nových proléčiv acyklických nukleosidfosfonátů

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Ing. Zlatko Janeba, Ph.D.

Anotace

Acyklické nukleosidfosfonáty tvoří významnou skupinu antivirotik. Fosfonátová skupina je při fyziologickém pH deprotonována a ANPs jsou příliš polární na to, aby efektivně pronikaly do buněk. Proléčiva odvozená od ANPs umožňují tento problém obejít. Cílem projektu bude návrh, syntéza a studium nových proléčiv ANPs.

Přístupy k totální syntéze pyrazinochinazolinových alkaloidů založených na fumichinazolinu a jejich analogů

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Dr. habil. Ullrich Jahn

Anotace

V tomto projektu budou vyvinuty krátké, biosyntézou inspirované syntetické přístupy ke komplexním pyrazinochinazolinovým alkaloidům založeným na fumichinazolinu. Tyto modulární totální syntézy budou základem pro studium jejich biologických účinků v rámci spolupráce. Plánována je též příprava malé a úzce zaměřené knihovny analogů, která doplní syntetizované přírodní látky.

Přístupy k totální syntéze pyrazinochinazolinových alkaloidů založených na fumichinazolinu a jejich analogů

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Dr. habil. Ullrich Jahn

Anotace

V tomto projektu budou vyvinuty krátké, biosyntézou inspirované syntetické přístupy ke komplexním pyrazinochinazolinovým alkaloidům založeným na fumichinazolinu. Tyto modulární totální syntézy budou základem pro studium jejich biologických účinků v rámci spolupráce. Plánována je též příprava malé a úzce zaměřené knihovny analogů, která doplní syntetizované přírodní látky.

Přístupy k totální syntéze pyrazinochinazolinových alkaloidů založených na glyantrypinu a jejich analogů

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Dr. habil. Ullrich Jahn

Anotace

V tomto projektu budou vyvinuty krátké, biosyntézou inspirované syntetické přístupy ke komplexním pyrazinochinazolinovým alkaloidům založeným na glyantrypinu. Tyto modulární totální syntézy budou základem pro studium jejich biologických účinků v rámci spolupráce. Plánována je též příprava malé a úzce zaměřené knihovny analogů, která doplní syntetizované přírodní látky.

Přístupy k totální syntéze pyrazinochinazolinových alkaloidů založených na glyantrypinu a jejich analogů

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Dr. habil. Ullrich Jahn

Anotace

V tomto projektu budou vyvinuty krátké, biosyntézou inspirované syntetické přístupy ke komplexním pyrazinochinazolinovým alkaloidům založeným na glyantrypinu. Tyto modulární totální syntézy budou základem pro studium jejich biologických účinků v rámci spolupráce. Plánována je též příprava malé a úzce zaměřené knihovny analogů, která doplní syntetizované přírodní látky.

Receptor pro insulinu podobný růstový faktor 2/manosu-6-fosfát jako cíl pro zlepšení paměti a potlačení vzniku nádoru

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: RNDr. Lenka Žáková, Ph.D.

Anotace

V součastnosti je naléhavá potřeba identifikace nových látek, které by vedly k efektivnímu boji s neurodegenerativními chorobami. Bylo prokázáno, že insulinu podobný růstový faktor 2 (IGF2) má důležitou roli ve zlepšování paměti. IGF2 je růstový faktor, jež má také významnou roli v dospělém mozku savců. Efekt IGF2 ve zlepšování kognitivních funkcí je rychlý a trvalý a je zprostředkován receptorem pro IGF2/manosu-6-fosfát (M6P/IGF2R). M6P/IGF2R je velký transmembránový glykoprotein, který mimo IGF2 váže také M6P-obsahující ligandy a vazba jednoho ligandu může ovlivňovat vazbu druhého. Zvýšená exprese IGF2 navíc hraje důležitou roli ve vzniku určitých tumorů a M6P/IGF2R může hrát roli jako nádorový supresor. Tento projekt je zaměřen na (i) přípravu M6P/IGF2R nebo jeho konstruktů, (ii) přípravu IGF2R selektivních IGF2 analogů, a (iii) knihoven malých molekul. Tato práce by mohla vést k zajímavým klinickým aplikacím nových IGF2 analogů.

Role adhezních GPCR během virové infekce savčích buněk

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Mgr. Jan Weber, CSc.

Anotace

Navržený PhD projekt se týká možné role adhezních receptorů spřažených s G proteinem během virové infekce savčích buněk. aGPCR jsou velmi zajímavou třídou proteinů obsahujících 7 transmembránových domén, které hrají důležitou roli při vývoji nervového systému, v imunitní odpovědi a v rakovině, avšak jejich role během virové infekce je zvětší části neprozkoumaná. V současnosti rozpoznáváme 33 členů skupiny aGPCR u lidí, ale většina patří mezi sirotčí receptory s neznámou funkcí. Chystáme se hledat specifické aGPCR a/nebo buněčné proteiny v aGPCR drahách a charakterizovat jejich interakci s virovými proteiny. Během postgraduálního studia se student naučí pracovat s tkáňovými kulturami v laboratoři s úrovní technického zabezpečení 3, provádět proteomické a bioinformační analýzy, siRNA experimenty snižující genové exprese v savčích buňkách infikovaných různými viry. Navržený projekt rozšíří naše současné vědění o roli aGPCR během infekce savčích buněk a v případě úspěchu pomůže identifikovat potenciální cíle antivirové terapie.

Syntéza a použití N-fluoroalkylovaných sloučenin

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Ing. Petr Beier, Ph.D.

Anotace

Naše nedávno publikovaná syntéza perfluoralkyl azidů a triazolů1 otevřela nové možnosti ke studiu vlastností a reaktivity těchto látek. V tomto projektu budou studovány nové syntetické přístupy k obecně málo probádaným N-perfluoralkylovaným sloučeninám1-10 jako jsou azidy, azoly, aziriny, močoviny, karbamáty a amidy. Očekává se, že tato skupina látek najde použití ve vývoji nových léčiv a materiálů

Systémy založené na BODIPY určené pro uvolňování signálních molekul a modulaci biomolekulární aktivity

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Mgr. Tomáš Slanina, Ph.D.

Anotace

Hlavními cíli disertační práce jsou design, syntéza, spektroskopická charakterizace, vývoj a prověřování možných aplikací nové třídy fotoodstupitelných skupin[1] a fotoaktivovatelných chránících systémů[2] založených na BODIPY. Hlavní důraz bude kladen na systémy absorbující červené světlo, které mohou být aktivovány v biologickém okně[3]. Neobvyklé odstupující skupiny, jako jsou thiosulfonáty, xantháty, hydroxylaminy, (thio)semicarbazony atd. budou připojeny na jádro BODIPY s cílem vytvořit systémy uvolňující signální molekuly. Modifikací molekul budou také připraveny biokompatibilní linkery, které budou využity pro světlem kontrolovanou modulaci biomolekulární aktivity v optogenetickém přístupu. Kandidát/ka provede syntézu a charakterizaci organických fotoaktivovatelných molekul a bude studovat jejich chemické, fotofyzikální a fotochemické vlastnosti. Stane se členem/členkou dynamického juniorského výzkumného týmu vyvíjejícího malé organické molekuly podléhající redoxním procesům, fotoaktivovatelné molekuly a reversibilní chemické reakce. Vysoce motivovaný/á a zručný/á kandidát/ka bude mít příležitost rozšířit si postgraduální výcvik v oboru fyzikální a organické chemie o elektrochemické, fotochemické a pokročilé spektroskopické metody.

Výpočetní hmotnostní spektrometrie

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Bioinformatika, Bioinformatics
Vedoucí práce: Ing. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace

Naše laboratoř kombinuje špičkové experimentální (např. LC-MS, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. Bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy k vývoji rychlých, obecně použitelných pracovních postupů pro objevování a využívání bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Hledáme talentované a motivované výpočetní výzkumníky, kteří by se připojili k našemu týmu. Úspěšným kandidátem na tuto pozici bude vývoj nové generace platformy MZmine (https://mzmine.github.io) pro zpracování dat hmotnostní spektrometrie v metabolomice. Mimo jiné se snažíme přidat k MZmine plnou podporu pro iontovou pohyblivou spektroskopii (IMS) a zlepšit její schopnosti molekulárních sítí. Doporučují se zkušenosti s programováním v Javě.

Vývoj a využití bioortogonálních štěpných reakcí zaměřených na buněčné organely

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Milan Vrábel, Ph.D.

Anotace

Chemické reakce, které lze provádět za fyziologických podmínek, nabízejí jedinečnou možnost manipulovat a studovat biologické procesy. Naše skupina má dlouhodobý zájem o tyto tzv. bioorthogonální reakce. Tyto reakce jsou známé hlavně jako účinné chemické transformace vedoucí k tvorbě kovalentních vazeb. Teprve nedávno byl koncept rozšířen na něco, co je známé jako bioorthogonální štěpné reakce. V tomto projektu se snažíme vyvinout a použít uvolňovací reakce, které umožní uvolňování malých molekul ve specifických buněčných organelách. Věříme, že takové systémy nabídnou nejen jedinečnou možnost dodávat a aktivovat funkční molekuly na konkrétním místě v buňce, ale v širším smyslu osvětlit funkci jednotlivých buněčných organel. Tento projekt zahrnuje práci na poli organické chemie a moderní chemické biologie.

Vývoj a využití bioortogonálních štěpných reakcí zaměřených na buněčné organely

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Ing. Milan Vrábel, Ph.D.

Anotace

Chemické reakce, které lze provádět za fyziologických podmínek, nabízejí jedinečnou možnost manipulovat a studovat biologické procesy. Naše skupina má dlouhodobý zájem o tyto tzv. bioorthogonální reakce. Tyto reakce jsou známé hlavně jako účinné chemické transformace vedoucí k tvorbě kovalentních vazeb. Teprve nedávno byl koncept rozšířen na něco, co je známé jako bioorthogonální štěpné reakce. V tomto projektu se snažíme vyvinout a použít uvolňovací reakce, které umožní uvolňování malých molekul ve specifických buněčných organelách. Věříme, že takové systémy nabídnou nejen jedinečnou možnost dodávat a aktivovat funkční molekuly na konkrétním místě v buňce, ale v širším smyslu osvětlit funkci jednotlivých buněčných organel. Tento projekt zahrnuje práci na poli organické chemie a moderní chemické biologie.

Vývoj nových chemických nástrojů pro studium mezibuněčných interakcí

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Milan Vrábel, Ph.D.

Anotace

Mezibuněčné interakce hrají důležitou roli v nesčetných biologických procesech. Tyto interakce umožňují buňkám komunikovat, reagovat na změny v prostředí a hrají důležitou roli při různých onemocněních včetně rakoviny. Navzdory jejich důležitosti je naše schopnost studovat molekulární detaily a povahu těchto interakcí stále velmi omezená. V tomto projektu plánujeme využít chemické glyko-inženýrství v kombinaci s biokompatibilními chemickými reakcemi k zachycení, identifikaci a studiu biomolekul zapojených do těchto interakcí. Tento projekt si klade za cíl objasnit složitost interakcí mezi buňkami a osvětlit jednotlivé proteiny zapojené do tohoto procesu. Ideální kandidát by měl mít zájem o organickou chemii, chemickou biologii a příbuzné obory.

Vývoj nových chemických nástrojů pro studium mezibuněčných interakcí

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Ing. Milan Vrábel, Ph.D.

Anotace

Mezibuněčné interakce hrají důležitou roli v nesčetných biologických procesech. Tyto interakce umožňují buňkám komunikovat, reagovat na změny v prostředí a hrají důležitou roli při různých onemocněních včetně rakoviny. Navzdory jejich důležitosti je naše schopnost studovat molekulární detaily a povahu těchto interakcí stále velmi omezená. V tomto projektu plánujeme využít chemické glyko-inženýrství v kombinaci s biokompatibilními chemickými reakcemi k zachycení, identifikaci a studiu biomolekul zapojených do těchto interakcí. Tento projekt si klade za cíl objasnit složitost interakcí mezi buňkami a osvětlit jednotlivé proteiny zapojené do tohoto procesu. Ideální kandidát by měl mít zájem o organickou chemii, chemickou biologii a příbuzné obory.

Štúdium štruktúry sacharidov pomocou NMR spektroskopie a molekulového modelovania

Garantující pracoviště: Ústav analytické chemie, Fakulta chemicko-inženýrská
Studijní programy: Chemie, Chemistry
Vedoucí práce: Ing. Radek Pohl, Ph.D.

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi