Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
iduzel: 52789
idvazba: 60795
šablona: api_html
čas: 5.12.2021 18:29:33
verze: 5002
uzivatel:
remoteAPIs: https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/program/
branch: trunk
Obnovit | RAW
Bioinformatics

Bioinformatics

Doktorský program, Fakulta chemické technologie
CHYBI CHARAKTERISTIKA PROGRAMU

The aim of the DSP programme is to educate specialists in bioinformatics, which is a combination of molecular and cell biology, biochemistry, statistics and computer science. Bioinformatics deals with the development of tools for the management of biological databases, algorithms for the processing of molecular-biological data and methods for the analysis and interpretation of relationships in these data. Most of the projects are biologically oriented with the aim to understand the complex context in the studied biological phenomena. However, we also run IT-oriented topics that include the development of algorithms or data processing methods.

Uplatnění

The combination of the education in natural sciences and informatics qualifies graduates to work in interdisciplinary teams. Graduates will find employment in a wide range of areas where data obtained by instrumental analysis of biological samples are processed. Graduates can also rely on a broad knowledge of informatics and can be successful in the development of software technologies, especially for data analytics. Graduates will further find employment in scientific infrastructures built in the Czech Republic within the framework of European operational programs. Due to the persisting lack of experts with an interdisciplinary education, graduates will also be easily employable outside the Czech Republic. Typical positions that DSP Bioinformatics graduate can hold: - researcher in basic or applied research in the public or private sector in the fields of biomedicine, clinical medicine, medical and pharmaceutical chemistry, food, agriculture, biotechnology or forensic science. Typical positions are postdoc, programmer, research associate, research fellow, project leader, project manager. - university lecturer in bioinformatics, computational biology, computational chemistry or applied informatics. Typical positions are assistant professor, assistant, lecturer. - software developer or data analyst in IT companies. - professional positions that require organizational and analytical skills and expertise not only in bioinformatics. Typical job positions include state administration at the highest management levels, organizations that are methodologically and organizationally engaged in science and research or non-profit and educational organizations.

Detaily programu

Jazyk výuky Anglický
Standardní doba studia 4 roky
Forma studia Prezenční
Garant studia doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
Kód programu AD104
Místo studia Prague
Kapacita 8 studentů
Počet vypsaných prací 4

Vypsané disertační práce

Biologické strojové učení

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Dále nabízena v programu: Bioinformatika
Vedoucí práce: Ing. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace

Naše laboratoř kombinuje špičkové experimentální (např. LC-MS, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. Bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy k vývoji rychlých, obecně použitelných pracovních postupů pro objevování a využívání bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Hledáme talentované a motivované výpočetní výzkumníky, kteří by se připojili k našemu týmu. Úspěšným kandidátem na tuto pozici bude vývoj modelů pro predikci enzymatických aktivit enzymů v biosyntetických drahách. Vzhledem k interdisciplinární povaze laboratoře bude tento projekt prováděn v úzké spolupráci s experimentálními výzkumníky, kteří budou generovat data pro trénink a ověřování modelu.

Celogenomové mapování míst tvorby genotoxických meziproduktů vznikajících při kolizích replikačních a transkripčních komplexů

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Dále nabízena v programu: Bioinformatika

Anotace

Bylo zjištěno, že aktivované onkogeny v lidských přednádorových lézích způsobují zastavení a kolaps replikačních vidlic, což vede ke genetické nestabilitě a vývoji rakoviny. Navrhovaný projekt ověřuje hypotézu, že replikační stres vyvolaný aktivací onkogenů je důsledkem interference mezi transkripcí a replikací způsobující tvorbu RNA:DNA hybridů, které mají genotoxické účinky. Náplní projektu je za spolupráce biologů s bioinformatiky: (i) identifikovat místa v genomu, kde se tvoří R-smyčky v podmínkách onkogeny indukovaného replikačního stresu; (ii) určit základní charakteristiky těchto míst; (iii) zjistit, zda aktivace onkogenů je spojena s tvorbou RNA:DNA hybridů ve fragilních úsecích chromosomů, jenž preferenčně vykazují nestabilitu za těchto podmínek; (iv) zjistit, zda se místa tvorby R-smyček překrývají s místy genomových translokací a deleci detekovaných ve zhoubných nádorech.

Genetická rekombinace a reprodukční izolace na modelu Mus musculus

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Dále nabízena v programu: Bioinformatika

Anotace

Cílem navrhovaného dizertačního projektu je objasnit epistatické interakce PRDM9 histon metyltransferázy s X-vázaným genetickým faktorem Hstx2 v meiotické rekombinaci a samčí neplodnosti mezi-poddruhových hybridů. Naše laboratoř identifikovala Prdm9 jako první gen obratlovců, který se účastní reprodukční izolace mezi druhy. PRDM9 protein predeterminuje meiotické rekombinační hotspoty uvnitř druhu k zajštění crossing-overů, chromozomálního párování a diferenciace pohlavních buněk, ale u mezdruhových hybridů tentýž gen zapřičiňuje meiotickou zástavu a hybridní sterilitu prostřednicvím persistence DNA dvojřetězcových zlomů, poruchy rekombinace a následnou poruchou párování chromozomů. Proces je modulován Hstx2 genetickým faktorem lokalizovaným v 2.7 Mb intervalu chromozomu X. Hlavním úkolem projektu je identifikovat genomickou sekvenci odpovědnou za Hstx2 efekt s použitím panelu bioinformatických nástrojů pro mRNA expresní profilování pomocí Next generation RNA sequencing (RNA-seq), pro sekvenaci imunoprecipitovaného chromatinu (ChIP-seq) a pro mapování lokusů kvantitativních znaků (QTL).

Výpočetní hmotnostní spektrometrie

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Dále nabízena v programu: Bioinformatika
Vedoucí práce: Ing. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace

Naše laboratoř kombinuje špičkové experimentální (např. LC-MS, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. Bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy k vývoji rychlých, obecně použitelných pracovních postupů pro objevování a využívání bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Hledáme talentované a motivované výpočetní výzkumníky, kteří by se připojili k našemu týmu. Úspěšným kandidátem na tuto pozici bude vývoj nové generace platformy MZmine (https://mzmine.github.io) pro zpracování dat hmotnostní spektrometrie v metabolomice. Mimo jiné se snažíme přidat k MZmine plnou podporu pro iontovou pohyblivou spektroskopii (IMS) a zlepšit její schopnosti molekulárních sítí. Doporučují se zkušenosti s programováním v Javě.


VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi