Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
iduzel: 52782
idvazba: 60776
šablona: api_html
čas: 16.4.2021 12:08:00
verze: 4827
uzivatel:
remoteAPIs: https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/pracoviste/
branch: trunk
Obnovit | RAW

Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.

Vypsané disertační práce

Struktura a dynamika glutamátových receptorů, teorie a experiment.

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Jiří Černý, Ph.D.

Anotace

Navrhovaný multidisciplinární projekt kombinuje několik experimentálních a teoretických přístupů pro zpřesnění strukturních motivů ionotropního glutamátového receptoru (iGluR) v jeho funkčně významných stavech. Dostupná strukturní data doplníme za pomoci analýzy iGluR exprimovaných v savčím a hmyzím expresním systému. Farmakologicky navodíme a elektrofyziologicky charakterizujeme příslušný funkční stav receptoru (aktivační kinetika, vazebná afinita a vlastnosti iontového kanálu). Následně pomocí strukturní hmotnostní spektrometrie získáme informace o vzdálenostech mezi aminokyselinami, které dále použijeme jako vstupní data pro MD simulace zpřesňující původní krystalové struktury a pro nalezení dosud neznámých strukturních motivů a objasnění jejich role ve strukturních přechodech receptoru.

Struktura a funkce bakteriálního transkripčního systému

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Jan Dohnálek, Ph.D.

Anotace

Bakteriální transkripční systém je v současnosti centrem pozornosti výzkumu jako cílový komplex pro působení antibiotik a současně po řadu nezodpovězených základních otázek. Soustředíme se na analýzu struktury a funkce RNA polymerasy grampozitivních bakterií, jmenovitě Mycobacterium smegmatis a Bacillus subtilis. Zkoumáme roli nedávno objevených nebo ne plně pochopených proteinů zapojených do transkripčního mechanismu. Mykobakterie jsou organismy důležité z pohledu medicíny, protože zahrnují významné patogeny. Bacillus subtilis je důležitým reprezentantem a modelovým organismem grampozitivních bakterií s odlišnostmi v transkripci ve srovnání s mykobakteriemi. Vybrané proteiny interagující s RNA polymerázou budou v tomto projektu podrobně charakterizovány z hlediska jejich struktury a funkce, a to s využitím technik molekulární biologie a integrativní strukturní biologie, včetně rentgenové krystalografie, maloúhlového rentgenového rozptylu a kryoelektronové mikroskopie.

Transkriptomová analýza akutních poranění centrálního nervového systému

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní program: Bioinformatika
Vedoucí práce: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace

Funkce centrálního nervového systému CNS je charakterizována extrémní komplexností zahrnující interakce stovek typů neuronů, gliových a vaskulárních buněk. Pokroky v oblasti vysoce výkonných technologií pro analýzu genové exprese a výpočetních analýz nyní umožňují studium CNS v nebývalém rozlišení. V této práci plánujeme použít nejnovější techniky analýzy dat k provedení podrobné transkriptomové analýzy ischemického poranění mozku a poranění míchy v myším a potkaním modelu. S využitím vzorků tkání provedeme funkční anotaci změn způsobených zraněním, k odhadu změn v podílu buněčných typů budou použity techniky dekonvoluce a k identifikaci modulů genů s různou reakcí na poranění bude využita ko-expresní analýza. Analýza sítí bude zkoumat vztahy mezi geny a pomáhat s identifikací klíčových determinantů ve studovaných procesech. Detailnější pohled bude zprostředkován komplementárními jednobuněčnými a prostorovými datovými soubory transkriptomu, které v kombinaci s nejnovějšími přístupy k integrační analýze umožní získat ucelený pohled na poškození CNS na úrovni jednotlivých buněk. Naše pozorovaní budou taktéž vyhodnoceny ve spojitosti s objevujícími se atlasy buněčných typů a budou tak dotvářet celkové poznání problematiky akutních poškození CNS.


VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi