Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
iduzel: 52782
idvazba: 60776
šablona: api_html
čas: 16.4.2021 12:47:09
verze: 4827
uzivatel:
remoteAPIs: https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/pracoviste/
branch: trunk
Obnovit | RAW

Ústav biochemie a mikrobiologie

Vypsané disertační práce

3D superrezoluční mikroskopie ultramorfologie mitochondrií

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: RNDr. Petr Ježek, CSc.

Anotace

3D nanoskopie dosud nebyla s to postihnout morfologii mitochondriálních krist a nukleoidů (proteinových komplexů s mtDNA). Vyvineme nové metodiky 3D superrezoluční mikroskopie na prototypu 3D mikroskopu firmy Vutara (dnes součást firmy Bruker) pro stochastickou mikroskopii PALM a dSTORM s rozlišením xy 25 nm a z 50 nm. Zavedeme nové typy analýz 3D obrazu reflektující nm změny v morfologii krist a 3D-redistribuci proteinů ovlivňujících mitochondriální kristy za normálních či patologických stavů (diabetes). Pro analýzu 3D obrazů vyvineme nové postupy založené na využití Ripleyho K-funkce a Delaunay algoritmu. Rozvineme také 3D imunocytochemii typu dSTORM s tzv. nanobodies a FRETem excitovaný PALM/dSTORM. Zahájíme novou generaci superrezoluční 3D mikroskopie. Analogicky prostudujeme nukleoidy mitochondriální DNA při zvýšené či snížené biogenezi (fyziologické, patologické), při jejich dělení zejména vlastní metodou mitoFISH nanoskopie pro počítání tzv. D-loops (počátků replikace mtDNA). Uměle nastavíme velikost nukleoidů či jejich obsah mtDNA. Využijeme též STED mikroskopie. Získáme tak nové protokoly pro 3D nanoskopii a zkombinujeme molekulární biologii a fyziologii buňky s nejmodernější 3D superrezoluční mikroskopií. Molekulární biologii zajistí pracovníci odd. 75 FgÚ AV ČR, v.v.i.

Anammox bakterie a jejich unikátní fosfolipidy

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Anammox (anaerobic ammonium oxidation) bakterie, které byly objeveny poměrně nedávno, hrají významnou roli v globálním cyklu dusíku, díky svému ojedinělému metabolismu konverze amonného kationtu (NH4+) a dusitanu (NO2-) na dusík. Tímto způsobem je v zónách s limitací na kyslík produkováno až 50 % oceánského dusíku. V současné době se tyto mikroorganismy využívají při čištění odpadních vod jako ideální náhrady za denitrifikační proces. Sled reakcí anammox metabolismu probíhá na membráně speciálního kompartmentu uvnitř těchto bakterií, který se nazývá anammoxosom. Všechny membrány anammox bakterií, včetně anammoxosomu, jsou složeny z unikátních ladderánových lipidů. Jedná se o fosfolipidy, které na konci acylového řetězce mají navíc 5 cyklobutanů nebo kombinaci 3 cyklobutanů s cyklohexanem. Díky těmto unikátním lipidům propouští membrána anammoxosomu protony až desetkrát pomaleji než klasická dvojvrstva fosfolipidů, což pomáhá zachovat proton-motivní sílu těchto bakterií. O syntéze těchto speciálních fosfolipidů zatím není známo mnoho. Cílem této práce bude přispět k odhalení enzymů podílejících se na syntéze i odbourávání těchto fosfolipidů v anammox bakteriích.

Biokatalyzátory pro nový způsob syntézy nitrilů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Nitrily (R-CN) se běžně používají pro syntézu speciálních a farmaceutických chemikálií. Obecnými výhodami enzymové syntézy jsou šetrné podmínky a selektivita. Enzymem umožňujícím přípravu nitrilů je aldoximdehydratasa, která se vyskytuje v bakteriích a houbách. Příprava enzymu z těchto organismů je však obtížná pro jeho nízkou produkci. Proto bude použita jiná strategie, tj. výběr genů z databází, syntéza genů (komerční) a jejich exprese v heterologním hostiteli, zpravidla v baktérii Escherichia coli. Předpokládáme, že tento postup umožní přípravu dostatečných množství enzymu pro katalýzu. Disertační práce je součástí česko-rakouského projektu, jehož cílem je vypracovat přípravu nitrilů novou kaskádovou reakcí. Aldoximdehydratasa katalyzuje poslední z kroků této kaskády, která sestává z 1) enzymové přípravy aldehydu z karboxylové kyseliny, 2) jeho chemické přeměny na aldoxim (R-CH=NOH) a 3) dehydratace aldoximu. Práce je multidisciplinární – používá metody molekulární biologie, bioinformatiky, biochemie, biotechnologie a organické chemie.

Charakterizace raného postnatálního vývoje s využitím biobanky tkání lidských novorozenců

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: MUDr. Jan Kopecký, DrSc.

Anotace

Časné postnatální období je důležité nejen pro rozvoj klíčových fyziologických funkcí novorozenců, ale i pro naprogramování metabolických rysů, které se mohou projevit až během dospívaní nebo později. Je k dispozici biobanka tkání lidských novorozenců, většinou předčasně narozených dětí, které zemřely různě dlouhou dobu po porodu. Probíhá charakterizace transkriptomu v tkáních s využitím RNA sekvenační analýzy. Projekt bude zaměřen na analýzu dat s cílem odhalit různé aspekty raného lidského vývoje a jeho kontroly, a to i ve vztahu k patologickým stavům. Hlavní experimentální součástí projektu budou modelové pokusy na myších. Projekt bude probíhat v úzké spolupráci mezi oddělením Biologie tukové tkáně Fyziologického ústavu AV ČR (http://www.fgu.cas.cz/en/departments/adipose-tissue-biology) a Ústavem dědičných metabolických poruch 1. Lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze (http://udmp.lf1.cuni.cz/en/genomics-and-bioinformatics-laboratory). Základní doktorské stipendium bude navýšeno pracovním úvazkem ve Fyziologickém ústavu.

Charakterizace více-druhových biofilmů potravinářsky významných patogenních bakterií

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie

Anotace

Většina bakterií může díky své fenotypové přizpůsobivosti žít ve společenství tzv. biofilmu, který často bývá více-druhový. Biofilm slouží k jejich adherenci, komunikaci, ochraně a zvyšuje odolnost bakterií vůči nepříznivým podmínkám prostředí. Jeho charakteristická perzistence, heterogenita a komplexní dynamika souvisí s poměrně obtížnou detekcí a problematickými analýzami klasickými mikrobiálními metodami. Proto jsou takováto konsorcia v dnešní době výzvou pro mnohé odborníky. V průběhu řešení disertační práce budou analyzovány více-druhové biofilmy Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus a Escherichia coli, jakožto vybraných zástupců potravinových patogenů sledovaných podle Nařízení komise (ES) č. 2073/2005 pomocí klasických mikrobiologických i moderní molekulárně-biologických metod. Studie více-druhových biofilmů bude rovněž zahrnovat analýzy hladin exprese genů a vlivu na biofilmy aplikovaných antibiotik či dalších vybraných antimikrobiálních látek. Tím přispěje k lepšímu pochopení šíření rezistence v prostředí, kterému tato společenstva napomáhají a výsledky práce zároveň prohloubí dosavadní znalosti o koexistenci zmiňovaných biofilm tvořících bakterií, jejichž eradikace z nežádoucích míst je oproti jedno-druhovým biofilmům složitější.

Faktory virulence a mobilní genetické elementy Cutibacterium acnes

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie

Anotace

Grampozitivní bakterie Cutibacterium acnes (dříve Propionibacterium acnes) je za fyziologických podmínek kožním komenzálem, ale může to být také oportunním patogenem způsobující invazivní chronické infekce. Mezi nejznámější nemoci spojené s C. acnes patří Acne vulgaris; klinicky významná je však i souvislost s celou řadou dalších chorob. Patogenita C. acnes je způsobena řadou faktorů virulence, jedním z nich je tvorba biofilmu, který zvyšuje odolnost bakterií vůči antibiotikům a jiným baktericidním látkám, což negativně ovlivňuje účinnost léčby. Dalšími faktory virulence jsou např. produkce hemolysinů, faktorů CAMP, neuraminidasy, proteinů teplotního šoku (HSP) či lipasy atd. Velká část genů odpovědných za virulenci a rezistenci se nachází na mobilních genetických elementech (MGE). V rámci řešení této práce budou studovány faktory virulence pomocí klasických mikrobiologických i moderních molekulárně-biologických metod.

Heterogenní exprese efektorových proteinů sekrečního systému typu III kódovaného na ostrovu patogenity 2 bakterií rodu Salmonella

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní programy: Mikrobiologie, Microbiology
Vedoucí práce: RNDr. Ondřej Černý, Ph.D.

Anotace

I přes vysoké hygienické standardy zůstávají bakterie rodu Salmonella významným původcem onemocnění z potravin. Navíc i přes dostupnost vakcín a antibiotik způsobují bakterie serovarů Salmonella enterica každoročně po celém světě vysoké množství život ohrožujících onemocnění mezi lidmi i hospodářskými zvířaty. Efektorové proteiny sekrečního systému typu III kódovaného na ostrovu patogenity 2 (T3SS-2) jsou jedněmi z hlavních faktorů virulence bakterií rodu Salmonella a jsou nezbytné pro systémové rozšíření bakterií a pro vyvolání perzistentní infekce. Modelový organismus Salmonella enterica serovar Typhimurium kóduje ve svém genomu všechny dosud popsané efektorové proteiny T3SS. Po infekci hostitelských buněk klonální populací S. Typhimurium dochází k značně heterogenní expresi efektorových proteinů SPI-2 T3SS mezi jednotlivými bakteriemi v rámci jedné hostitelské buňky. Cílem tohoto projektu je popsat mechanizmy zodpovědné za heterogenní expresi efektorových proteinů T3SS-2 vnitrobuněčnými bakteriemi S. Typhimurium. Použití moderních transkriptomických metod umožní studentům studium genetických i environmentálních faktorů zodpovědných za sledovanou heterogenní expresi efektorových proteinů T3SS-2. Získané poznatky budou dále ověřeny na úrovni jednotlivých buněk.

Identifikace ryb prostřednictvím molekulárně-biologických a proteomických přístupů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Trh s potravinami je stále rozšiřován o nové výrobky od různých dodavatelů a producentů, což na jednu stranu zvyšuje pestrost jídelníčku spotřebitelů, ale zároveň vytváří i podmínky pro jejich falšování. Toto falšování potravin a potravinářských surovin může být spjato i s ohrožením zdraví spotřebitele. Klamání spotřebitele může být provedeno např. náhradou dražších surovin levnějšími, nedodržením deklarovaného složení, nesprávným označením výrobků či záměrným nesprávným uvedením geografického původu nebo způsobu produkce. Jednou z kategorií často falšovaných potravin jsou ryby, rybí výrobky a mořské plody, které jsou spojovány i s výskytem významných alergenů. Práce má za cíl vyvinout a experimentálně ověřit metodiky identifikace paprskoploutvých ryb pomocí analýzy DNA i proteinů. Molekulárně-biologické metody by měly umožnit druhové určení v rámci třídy paprskoploutvých ryb a budou zahrnovat moderní metody jako je polymerázová řetězová reakce (PCR, qPCR i dPCR) či sekvenace. Cílovým genem, který bude analyzován, je gen kódující hlavní alergen ryb, parvalbumin. Analýza proteinů bude zaměřena na srovnávání proteinových profilů získaných hmotnostní spektrometrií MALDI-TOF.

Integrace retrovirů a epigenetické umlčování provirové exprese

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: RNDr. Jiří Hejnar, CSc.

Anotace

Autonomní transkripce integrovaných retrovirů a retrotransposonů významně závisí na genetických a epigenetických vlivech místa integrace. Vliv místa integrace je většinou supresivní a transkripce proviru se umlčuje mechanismy jako je metylace DNA a modifikace histonů asociovaných s provirem. Umlčování provirů (provirus silencing) je obecným rysem integrovaných retrovirů, ale jeho rozsah a kinetika se mezi retroviry velmi liší. Roli integračního místa jsme studovali pomocí buněčných klonů s unikátní integrací reportérových vektorů, většinou odvozených od ptačích leukózových virů (ALV) nebo viru lidské imunodeficience (HIV), kde jsme korelovali expresi reportéru s epigenomickou situací v místě integrace. Tématem disertace studenta přijatého k doktorskému studiu bude rané umlčováni provirů (immediate early silencing), ke kterému docházi bezprostředně po integraci nebo během integrace kvůli radikální přestavbě epigenomu a procesům opravy DNA. Pro tento typ studií bude konstruován speciální duální systém vektorů registrující pulsní a brzy vyhasínající expresi bezprostředně po integraci. Dále budou studovány integrační preference retrovirů, a to na úrovni primární sekvence DNA až po jadernou architekturu (3D genom). Ideální by bylo dospět mj. k ovlivnění chromatinových kontaktů a struktury topologicky asociovaných domén (TAD) v místě integrace retroviru.

Izolace nových terapeutik z hub

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Houby jsou již po staletí v čele biotechnologického výzkumu, ať už pro své využití v potravinářství, při produkci technologických enzymů nebo pro produkci antibiotik. Přesto se ukazuje, že v houbách stále dřímá zatím neobjevený potenciál pro výzkum nových protirakovinných a antipsychotických terapeutik, ačkoli v tradičních kulturách jsou v těchto směrech houby využívané. Cílem této disertační práce je identifikace a izolace nových terapeutik z běžně rostoucích hub jako Amanita muscaria a testování jejich terapeutického potenciálu v různých typech rakovinných buněk.

Kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií pro metabolomické a lipidomické studie

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Během posledního desetiletí se metabolomika a lipidomika využívající hmotnostní spektrometrii staly klíčovými disciplínami v analýze polárních metabolitů a komplexních lipidů v biologických systémech. Kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) je nejčastěji používanou technikou v metabolomice a lipidomice umožňující účinnou separaci a detekci širokého spektra metabolitů. Stále však chybí dostatečné informace o složení metabolomu a lipidomu kapalných materiálů (plazma, sérum, moč) a různých tkání, které mohou být snadno dostupné a použitelné pro budoucí studie. Disertační práce bude zaměřena na (i) slučování cílených a necílených metabolomických a lipidomických metod, (ii) standardizaci metod a (iii) zvýšení rozsahu a pokrytí metod pro metabolomické a lipidomické studie (např. diabetes mellitus, cirkadiánní rytmy). Práce bude realizována na Fyziologickém ústavu AV ČR, v.v.i. a finančně zajištěna projekty GAČR, MŠMT a AZV.

Katepsinové proteasy v biomedicíně

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: RNDr. Michael Mareš, CSc.

Anotace

Projekt je zaměřen na proteolytické enzymy katepsinového typu, které se významně podílejí na patologiích a představují cílové molekuly pro terapii. Studovány budou katepsiny člověka a jeho patogenů a parazitů. Cílem projektu je analýza struktury a funkce katepsinů a vývoj nových inhibičních molekul pro jejich regulaci. Téma na rozhraní biochemie a molekulární biologie využívá zejména následující metodické přístupy: funkční proteomiku a chemickou genomiku, rekombinantní expresi proteinů, enzymologii, proteinovou krystalografii a molekulární modelování

Mechanismy bakteriální antibiotické rezistence a jejich modulace

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie
Vedoucí práce: Ing. Jitka Viktorová, Ph.D.

Anotace

Bakteriální antibiotická rezistence je dle Světové zdravotnické organizace jedním z deseti nejzávažnějších problémů, kterým lidstvo v současnosti čelí. Cílem dizertační práce bude stanovit mechanismy bakteriální rezistence u klinických izolátů nejčastějších lidských patogenů a následně sledovat schopnost přírodních látek inhibovat tyto mechanismy a zvrátit tak rezistentní fenotyp bakterií. K naplnění cílů projektu budou využity molekulárně-biologické metody a to zejména kvantitativní RT-PCR, Western blot, analytické metody (HR-MALDI-TOF/MS) a mikrobiologické metody (stanovení minimální inhibiční koncentrace klinicky významných antibiotik). Pozornost bude věnována zejména transmembránovým efluxním pumpám a jejich vlivu na bakteriální mezibuněčnou komunikaci, tvorbu biofilmu apod.

Mechanismy virulence u bakterií rodu Bordetella

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní programy: Mikrobiologie, Microbiology
Vedoucí práce: RNDr. Jana Kamanová, Ph.D.

Anotace

Patogenní bakterie rodu Bordetella jsou původci respiračních onemocnění savců. Zatímco B. bronchiseptica je primárně zvířecím patogenem, B. pertussis je původcem černého kašle u lidí. Cílem dizertační práce bude poodkrýt mechanismy virulence těchto bakterií pomocí technologie CRISPR/Cas9, za kterou byla udělena poslední Nobelova cena za chemii. Pomocí již hotové a ověřené knihovny naváděcích RNA bude vytvořen soubor buněk lidského epitelu s inaktivovanými geny. Po infekci tohoto souboru buněk bakteriemi rodu Bordetella budou vytipovány geny podmiňující citlivost epiteliálních buněk k cytotoxicitě působené těmito bakteriemi. Získané kandidátní geny budou dále analyzovány, aby došlo k potvrzení jejich role v navození citlivosti buněk a hostitele.

Metabolismus RNA, týkající se kontroly exprese genů v oocytech a embryích

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Michal Kubelka, CSc.

Anotace

Savčí vajíčko je vysoce diferencovaná totipotentní buňka, která dává základ embryonálnímu vývoji. Zralé vajíčko před zahájením meiózy postrádá transkripční aktivitu a využívá pouze maternální mRNA, které byly nasyntetizovány během jeho vývoje. Mechanismy regulace maternální mRNA jsou z velké části neznámé. Cílem projektu je zmapovat translaci RNA po znovu zahájeni meiózy. Chceme také studovat aktivitu cap-dependentní translace (mTOR/eIF4E) v myším a bovinním oocytu a objasnit její regulaci s cílem charakterizovat metabolismus specifických RNA a přispět tak k poznání fyziologie savčího vajíčka. Cíle projektu: Zmapovat translaci mRNA po znovu zahájeni meiózy u savčího oocytu.Objasnit regulaci mTOR/eIF4E dráhy při rozpadu jaderné membrány. Poznani regulaci translace ve vztahu ke chromozomální stabilitě u savčího oocytu. Hlavní metody: Next Generation Sequencing, biochemie, molekulární biologie, RNA FISH.

Metabolomika biologických systémů pomocí hmotnostní spektrometrie

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Necílené metabolomické metody se zaměřují na analýzu všech detekovatelných metabolitů ve vzorku, včetně doposud neidentifikovaných metabolitů. Kapalinová chromatografie ve spojení s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) je nejčastěji používanou technikou v metabolomice umožňující účinnou separaci a detekci širokého spektra metabolitů. Až 80 % všech detekovaných signálů z necílené metabolomické analýzy představují neidentifikované metabolity. Tato překážka tak brání smysluplným interpretacím v biomedicínském a biologickém výzkumu. Disertační práce bude zaměřena na (i) zvýšení pokrytí spektrálních knihoven používaných pro anotaci metabolitů, (ii) aplikaci programů pro predikci „neznámých“ metabolitů a (iii) aplikaci programů pro vizualizaci a interpretaci dat získaných v rámci metabolomických studií (např. diabetes mellitus, cirkadiánní rytmy). Práce bude realizována na Fyziologickém ústavu AV ČR, v.v.i. a finančně zajištěna projekty GAČR, MŠMT a AZV.

Mezibuněčná komunikace a její vliv na adaptaci a virulenci Campylobacter jejuni

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie

Anotace

Navzdory své křehké povaze je Campylobacter jejuni dlouhodobě označován jako nejčastější původce gastroenteritid přenášených potravinami. Krátký genom a zároveň vysoká přizpůsobivost C. jejuni naznačují, že je tento patogen schopen rychlé změny genové exprese umožňující přeměnu z odolné ale metabolicky utlumené formy v prostředí mimo hostitele, do virulentní rychle se množící formy uvnitř hostitele. Tato přizpůsobivost by mohla být vysvětlena rozsáhlým použitím systémů mezibuněčné komunikace známé jako quorum sensing (QS). Hlavním cílem práce bude určit roli QS v životním cyklu C. jejuni, a to s důrazem na identifikaci regulačních drah ovlivněných acylovanými homoserin laktony. Významná část práce bude také soustředěna na roli hostitelského prostředí v signalizaci a virulenci C. jejuni.

Mikrobiota vybraných extrémních biotopů – diverzita, ekologie a fyziologie

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie

Anotace

Cílem dizertační práce je charakterizovat mikrobiální osídlení dvou typů extrémních prostředí – chronosekvence permafrostu (permafrostu různého stáří) a zemin ze solných mokřadů a bahenních průsaků CO2. Charakteristika bude probíhat dvěma základními přístupy – s využitím metagenomických a modifikovaných kultivačních technik. Základní modifikací kultivačních technik bude využití resuscitačního faktoru a přizpůsobení kultivačních médií reálným matricím za účelem izolace dormantních a jiných obtížně kultivovatelných, či doposud nekultivovatelných mikroorganismů.

Mikrobiální kometabolismus: Propagace biodegradace polutantů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie

Anotace

Cílem dizertační práce je ověřit hypotézu, že sekundární metabolity rostlin (SMR) jsou vhodnými sloučeninami pro podporu kometabolismu organických polutantů v životním prostředí a že výrazně ovlivňují biodegradační potenciál mikrobiálních komunit. Za účelem ověření této hypotézy budou selektována bakteriální konsorcia, která při růstu na SMR budou schopna kometabolicky degradovat vybrané polutanty (polychlorované bifenyly, PCB, a polyaromatické uhlovodíky, PAU); zároveň bude ověřeno, zda tato konsorcia budou po aplikaci do kontaminované zeminy zvyšovat účinnost biodegradace PCB a PAU. Předkládaný projekt směřuje, kromě rozšíření poznatků o interakcích půdních bakterií s ostatními složkami bioty a abioty, v dlouhodobějším horizontu ke zvýšení efektivity remediace lokalit kontaminovaných aromatickými polutanty.

Mikroorganismy a jejich využití v odpadovém hospodářství

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie
Vedoucí práce: Ing. Hana Stiborová, Ph.D.

Anotace

V současné době se klade čím dál větší důraz na recyklaci a využívání odpadů a v důsledku toho přijala Evropská unie Akční plán pro cirkulární ekonomiku. Jednou z možností, jak snížit ekologickou zátěž a emise CO2 ve stavebním průmyslu je využívání tzv. biocementu, který je možné získat pomocí mikrobiologicky indukovatelného srážení vápníku (MICP). V rámci řešení této práce budou izolovány a charakterizovány vhodné mikroorganismy a optimalizovány podmínky MICP s ohledem na výtěžnost a strukturní a mechanické vlastnosti biocementu.

Molekulární charakteristika různých variant parvalbuminového genu ryb a biochemické a alergenní aspekty jimi exprimovaných proteinů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Rybí parvalbuminový gen se skládá ze čtyř exonů, oddělených třemi introny. Kóduje parvalbuminový protein, který je termorezistentním potravinovým alergenem. Intronové sekvence pro svou různost slouží jako determinační marker, exonové sekvence kódují i příslušné epitopy vyvolávající alergie. Gen se v každém druhu vyskytuje jako několik variant - paralogů. Cílem práce bude charakterizovat molekulárně-biologickými, biochemickými a imunochemickými nástroji různé varianty genu/proteinu na základě fylogenetických dat získaných z dostupných databází a z NGS. Výstup by měl také posloužit jako znalostní báze i pro budoucí microarray čip na druhovou determinaci či ve phagemidové podobě na profilování pacientských sér dle míry reaktivity s různými druhy rybích mas.

Multivalentní neoglykokonjugáty s terapeutickým potenciálem

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Galektiny jsou živočišné lektiny s afinitou k b-D-galaktosidům, které se in vivo účastní např. kancerogeneze, metastatických procesů, imunitní odpovědi na nádorové bujení a dalších patogenních procesů spojených s rakovinou. Koncentrace extracelulárních galektinů in vivo signifikantně stoupá v souvislosti s nádorovým bujením a dalšími patologiemi, a proto je lze využít jako diagnostické markery. Cílená inhibice extracelulárních galektinů je jedním z nových perspektivních terapeutických přístupů k léčbě patologií spojených s jejich nadprodukcí. Řada recentních strukturně-funkčních studií umožnila detailně rozpoznat strukturní požadavky jednotlivých galektinů na vysokou afinitu a selektivitu jejich ligandů. Aviditu specifických glykomimetik k vybraným galektinům lze výrazně zvýšit pomocí multivalentní prezentace. Cílem práce je příprava multivalentních neoglykokonjugátů nesoucích specifické sacharidové ligandy nebo glykomimetika s vysokou selektivitou a afinitou vůči vybraným galektinům. Inhibiční a vazebný účinek těchto neoglykokonjugátů vůči galektinům, zvláště galektinu-1 a -3, bude testován in vitro metodami ELISA a povrchové plazmové resonance (SPR) s rekombinantními galektiny a v další fázi i s vybranými kulturami rakovinných buněk.

Nespecifická fosfolipasa C z Arabidopsis thaliana: vztah struktury a funkce

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Tato disertační práce má za cíl objasnit katalytický mechanismus, strukturu a vztah struktury funkce nespecifické fosfolipasy C (NPC) z Arabidopsis thaliana. Na tématu spolupracují tři pracoviště - VŠCHT, ÚEB a Biocev. V genomu Arabidopsis thaliana bylo identifikováno šest genů kódujících NPC (NPC1-NPC6). V rámci našich předchozích experimentů s NPC4 bylo zjištěno, že aktivitou tohoto enzymu in vitro vzniká kromě očekávaného produktu - diacylglycerolu, překvapivě také kyselina fosfatidová. Zdá se, že tato druhá aktivita byla doposud přehlížena. V tomto projektu se zaměříme na studium tohoto jevu pomocí mutageneze a pokusíme se objasnit strukturu a katalytický mechanismus těchto enzymů. Také bude zkoumán vliv mutací na fenotyp rostlin.

Nové přístupy v eliminaci nádorových buněk a bakteriálních biofilmů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Nádorová onemocnění představují druhou nejčastější příčinu úmrtí v České republice i ve světě a jejich četnost stále stoupá. Přestože jejich diagnostika a léčba značně postoupila, stále se jedná o největší výzvu moderní biomedicíny. Naše laboratoř se dlouhodobě zabývá výzkumem nádorových buněk ve tkáňových kulturách i na zvířecích modelech. Nabízené téma bude sestaveno z několika linií výzkumu: 1) Testování protinádorových účinků nových nanočástic, polymerů a léčiv připravených na spolupracujících pracovištích včetně možnosti se na výrobě těchto látek podílet. 2) Tvorba věrohodných in vitro modelů nádorové tkáně vhodných pro testování nových léčiv. 3) Základní výzkum biochemie nádorového mikroprostředí a odhalování slabin nádorového onemocnění, které mohou být využity jako nový cíl terapie. Novým a rychle narůstajícím problémem je také rezistence bakterií na antibiotika, zvláště pokud bakterie přežívají ve formě biofilmu. Mezi terapií nádorů a bakteriálních biofilmů je celá řada analogií. Doplňkovou částí nabízeného tématu bude testování antibiofilmových účinků nových nanočástic, polymerů a léčiv připravených na spolupracujících pracovištích. Součástí Ph.D. studia bude vedení studentů bakalářského a magisterského studia, výjezdy na zahraniční konference, pracovní návštěvy na spolupracujících chemických a biomedicínských pracovišťích a doplňkové finanční ohodnocení ve formě částečného úvazku. Kontakt: jaroslav.zelenka@vscht.cz Publikace: https://scholar.google.com/citations?user=4_bMFYwAAAAJ&hl=cs

Produkce antibakteriálních peptidů z mořských ogranismů a hodnocení jejich biologické aktivity

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Návrh bakteriálního expresního systému pro produkci existujících antibakteriálních peptidů identifikovaných v laboratoři prof. Stensvåg na Universitě v Tromso. Nejprve je nutné překonat problémy toxicity buď fúzí s proteinem nebo sekrecí dosaženou fúzí peptidů s transportní sekvencí. Dalším krokem je přechod na vyšší produkci a purifikaci pro funkční studie (pull down s lyzátem bakteriálních buněk). Izolované produkty budou použity pro analýzu biologické aktivity zaměřené proti bakteriálním a kvasinkovým buňkám, včetně biofilmů a stanovení imunomodulačních účinků. Následně je plánována studie mechanismů vedoucích k inhibici.

Příprava a biologická aktivita metabolitů flavonoidů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Flavonoidy, stejně jako jiné polyfenoly potravy podléhají extenzivnímu metabolismu ve střevě i v játrech člověka. Biotransformace flavonoidů střevní mikroflórou vede zejména ke štěpení kruhu C a tvorbě jednoduchých fenolových látek. Struktura hlavního intermediátu tohoto štěpení dosud není plně experimentálně potvrzena. V úvahu připadají minimálně tři možnosti, chalkonová struktura, derivát benzofuranonu a depsid. Všechny produkty biotransformace polyfenolů střevní mikroflórou mohou podléhat také konjugačním reakcím, jako je sulfatace, methylace či glukuronidace. Cílem této práce je připravit pomocí chemoenzymatických metod zavedených v Laboratoři biotransformací MBÚ sérii potenciálních meziproduktů a finálních metabolitů flavonoidů v množství dostatečném pro jejich detailní charakterizaci pomocí spektrálních metod a jejich použití jako standardů pro metabolické studie. U finálních produktů bude navíc stanoven jejich biologický potenciál otestováním jejich antioxidační aktivity pomocí testů in vitro. Tato interdisciplinární studie bude tudíž zahrnovat metody organické chemie, chemie přírodních látek, biochemie, mikrobiologie, molekulární biologice, experimentální toxikologie, i analytické chemie.

Příprava a strukturně funkční analýza virům podobných a nevirových nanočástic

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Anotace

Práce je zaměřena na přípravu nanočástic samoskládáním virových strukturních proteinů a na bázi modifikovaných organických a anorganických struktur. Částice budou povrchově modifikovány pro cílení na patogenní bakterie, či nádorové buňky. Bude vyhodnocována jejich schopnost interagovat s cílovými organismy pro jejich využití k inhibici, zobrazování a modulaci buněčné aktivity.

Reakce mikrobiálních komunit na měnící se klima v půdě Arktické tundry

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní programy: Mikrobiologie, Microbiology

Anotace

Klimatické modely předpovídají výrazné změny v teplotních a srážkových vzorcích napříč arktickými oblastmi. Mikroorganismy významně ovlivňují stabilitu půdního uhlíku a jeho uvolňování do atmosféry v podobě skleníkových plynů. Arktické půdní ekosystémy bohaté na uhlíkaté sloučeniny jsou obzvláště náchylné ke ztrátám půdního uhlíku způsobených oteplováním a požáry. Cílem práce bude popsat odezvu mikrobiálních komunit na podmínky způsobené budoucími klimatickými změnami v Arktické tundrě, konkrétně zvýšenou precipitací v zimním období, zvýšením letních teplot a disturbancí v podobě požárů. K pokusům budou využity experimentální plochy v západním a jižním Grónsku spravované Kodanskou Univerzitou, které simulují predikované změny v půdním ekosystému. Mikrobialní společenstva z odebraných vzorků půdy budou charakterizována pomocí moderních metod molekularní biologie.Toto téma a školitel podléhají schválení Vědeckou radou fakulty.

Receptor pro insulinu podobný růstový faktor 2/manosu-6-fosfát jako cíl pro zlepšení paměti a potlačení vzniku nádoru

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: RNDr. Lenka Žáková, Ph.D.

Anotace

V součastnosti je naléhavá potřeba identifikace nových látek, které by vedly k efektivnímu boji s neurodegenerativními chorobami. Bylo prokázáno, že insulinu podobný růstový faktor 2 (IGF2) má důležitou roli ve zlepšování paměti. IGF2 je růstový faktor, jež má také významnou roli v dospělém mozku savců. Efekt IGF2 ve zlepšování kognitivních funkcí je rychlý a trvalý a je zprostředkován receptorem pro IGF2/manosu-6-fosfát (M6P/IGF2R). M6P/IGF2R je velký transmembránový glykoprotein, který mimo IGF2 váže také M6P-obsahující ligandy a vazba jednoho ligandu může ovlivňovat vazbu druhého. Zvýšená exprese IGF2 navíc hraje důležitou roli ve vzniku určitých tumorů a M6P/IGF2R může hrát roli jako nádorový supresor. Tento projekt je zaměřen na (i) přípravu M6P/IGF2R nebo jeho konstruktů, (ii) přípravu IGF2R selektivních IGF2 analogů, a (iii) knihoven malých molekul. Tato práce by mohla vést k zajímavým klinickým aplikacím nových IGF2 analogů.

Role adhezních GPCR během virové infekce savčích buněk

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Mgr. Jan Weber, CSc.

Anotace

Navržený PhD projekt se týká možné role adhezních receptorů spřažených s G proteinem během virové infekce savčích buněk. aGPCR jsou velmi zajímavou třídou proteinů obsahujících 7 transmembránových domén, které hrají důležitou roli při vývoji nervového systému, v imunitní odpovědi a v rakovině, avšak jejich role během virové infekce je zvětší části neprozkoumaná. V současnosti rozpoznáváme 33 členů skupiny aGPCR u lidí, ale většina patří mezi sirotčí receptory s neznámou funkcí. Chystáme se hledat specifické aGPCR a/nebo buněčné proteiny v aGPCR drahách a charakterizovat jejich interakci s virovými proteiny. Během postgraduálního studia se student naučí pracovat s tkáňovými kulturami v laboratoři s úrovní technického zabezpečení 3, provádět proteomické a bioinformační analýzy, siRNA experimenty snižující genové exprese v savčích buňkách infikovaných různými viry. Navržený projekt rozšíří naše současné vědění o roli aGPCR během infekce savčích buněk a v případě úspěchu pomůže identifikovat potenciální cíle antivirové terapie.

Struktura a dynamika glutamátových receptorů, teorie a experiment.

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Jiří Černý, Ph.D.

Anotace

Navrhovaný multidisciplinární projekt kombinuje několik experimentálních a teoretických přístupů pro zpřesnění strukturních motivů ionotropního glutamátového receptoru (iGluR) v jeho funkčně významných stavech. Dostupná strukturní data doplníme za pomoci analýzy iGluR exprimovaných v savčím a hmyzím expresním systému. Farmakologicky navodíme a elektrofyziologicky charakterizujeme příslušný funkční stav receptoru (aktivační kinetika, vazebná afinita a vlastnosti iontového kanálu). Následně pomocí strukturní hmotnostní spektrometrie získáme informace o vzdálenostech mezi aminokyselinami, které dále použijeme jako vstupní data pro MD simulace zpřesňující původní krystalové struktury a pro nalezení dosud neznámých strukturních motivů a objasnění jejich role ve strukturních přechodech receptoru.

Struktura a funkce bakteriálního transkripčního systému

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: Ing. Jan Dohnálek, Ph.D.

Anotace

Bakteriální transkripční systém je v současnosti centrem pozornosti výzkumu jako cílový komplex pro působení antibiotik a současně po řadu nezodpovězených základních otázek. Soustředíme se na analýzu struktury a funkce RNA polymerasy grampozitivních bakterií, jmenovitě Mycobacterium smegmatis a Bacillus subtilis. Zkoumáme roli nedávno objevených nebo ne plně pochopených proteinů zapojených do transkripčního mechanismu. Mykobakterie jsou organismy důležité z pohledu medicíny, protože zahrnují významné patogeny. Bacillus subtilis je důležitým reprezentantem a modelovým organismem grampozitivních bakterií s odlišnostmi v transkripci ve srovnání s mykobakteriemi. Vybrané proteiny interagující s RNA polymerázou budou v tomto projektu podrobně charakterizovány z hlediska jejich struktury a funkce, a to s využitím technik molekulární biologie a integrativní strukturní biologie, včetně rentgenové krystalografie, maloúhlového rentgenového rozptylu a kryoelektronové mikroskopie.

Studium speciace arsenu v mykosféře – od mikroorganismů po živočichy

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie

Anotace

Tato disertační práce má za cíl zodpovědět otázky týkající se doposud málo prozkoumaných biotransformačních dějů arsenu v živých organismech, se zaměřením na říši hub. Arsen je silně toxický prvek, avšak kvůli jeho všudypřítomnému výskytu si organismy vyvinuly různé metody jeho detoxikace, spočívající v redoxních dějích, methylacích As a jiných biotransformačních reakcí. Předpokládáme, že tyto biologické procesy jsou závislé na různých faktorech (biodostupnost, genetická výbava a jiné) a jednotlivé součásti tzv. mykosféry, tedy všech činitelů týkajících se hub (geochemie, mikrobiom, živočichové konzumující houby), jsou vzájemně provázané. Jednotlivé procesy a prvky biotransformace As v mykosféře mohou být tedy zkoumány z různých hledisek. Primárním cílem této práce bude identifikace, izolace a funkční charakterizace genů potenciálně se účastnících transformace As v houbách a bakteriích a jejich následný screening pomocí metagenomických technik ve vzorcích půdy a v plodnicích hub. Druhým přístupem k řešení práce bude pěstování houbových mycelií v substrátu s přídavkem As a zkoumání jejich transformačního potenciálu tvorby organických z anorganických forem As pomocí hmotnostní spektrometrie. Oba tyto přístupy by měly vést k zodpovězení otázek jako například: Jsou houby schopny methylovat As? Korelují formy As v plodnicích hub s jejich fylogenetickým zařazením? Ovlivňují houboví hyperakumulátoři As koncentraci a speciaci As v půdě a kompozici související bakteriální komunity? Jak jsou v mykosféře transformovány a translokovány sloučeniny As?

Studium struktury a funkce cytotoxinu RtxA bakterie Kingella kingae

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie
Vedoucí práce: Ing. Radim Osička, Ph.D.

Anotace

Sekretovaný cytotoxin RtxA je klíčovým faktorem virulence gramnegativní bakterie Kingella kingae, která je významným invazivním patogenem způsobujícím u malých dětí septickou artritidu, osteomyelitidu, infekční endokarditidu a jiná onemocnění. Současný stav poznání naznačuje, že toxin RtxA může hrát důležitou roli v různých stupních infekce bakterií K. kingae, zahrnujících kolonizaci respiračního epitelu, průnik do krevního řečiště a poškození cílových tkání. Podrobný mechanismus, kterým toxin RtxA přispívá k patogenezi, však zůstává z velké části neznámý a jeho studium je hlavním cílem navrhovaného doktorského projektu. Důraz bude kladen na objasnění membránové topologie RtxA, na výzkum molekulárních mechanismů, kterými toxin narušuje integritu těsných spojení respirační epiteliální bariéry a na prostudování vlivu bakterie K. kingae a toxinu RtxA na vrozenou imunitní odpověď respiračního epitelu. Získané výsledky poskytnou nové poznatky o toxinu RtxA a patogenezi invazivního onemocnění způsobovaného bakterií K. kingae.

Světlo konvertující nanočástice pro infračervenou fotodynamickou terapii tumorů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Vedoucí práce: RNDr. Petr Ježek, CSc.

Anotace

Nádorové bujení je často rezistentní k dlouhodobým monoterapiím. Pro překonání rezistence vyvineme nanočásticové systémy pro infračervenou terapii světlem (tzv. fotodynamickou terapii) či pro fotodynamickou terapii kombinovanou s možnostmi jejich zobrazení PET či pomocí NMR. Budeme proto studovat fotofyziku, a to zejména kinetiku dohasínání luminiscence luminescentních/paramagnetických nanočástic NaY(Gd)F4:Yb3+(Nd3+)/Er3+(Tm3+) pro upkonverzi světla z 980? 650/540 nm nebo 808?650 nm při absenci či za přítomnosti fotosenzitivní látky vytvářející singletní kyslík, tj. tzv. fotosenzitéru. Pro získání maximálního fotodynamického účinku upravíme optimální velikost nanočástic. Modifikací jejich povrchu polymery s různou tloušťkou zoptimalizujeme upkonverzi, imobilizací ftalocyaninu umožníme vznik singletního kyslíku a připojením adresujících peptidů zvýšíme internalizaci do buněk. Připojení chelatoru pro 64Cu umožní integrovat upkonverzi s PET zobrazováním. Preklinicky prostudujeme tvorbu singletního kyslíku a farmakokinetiku nanočástic na buňkách v tkáňových kulturách a na atomických nu/nu myších s xenotransplantovanými či vnitřními tumory. Práci s buňkami případně laboratorními zvířaty zajistí pracovníci odd. 75 FgÚ AV ČR, v.v.i. PET zajistí core pracoviště FgÚ AV ČR.

Vliv rezistence k antibiotikům na propagaci gramnegativních bakterií v potravinovém řetězci

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie

Anotace

Vzrůstající výskyt rezistence bakterií k antibiotikům patří mezi závažné problémy 21. století, neboť omezuje spektrum vhodných antibiotik použitelných pro léčbu bakteriálních infekcí. Potravinový řetězec patří mezi místa, kde často dochází ke vzniku nových determinant rezistence k antibiotikům a/nebo jejich šíření (tzv. hot spots). Vybrané skupiny gramnegativních bakteriíe (čeleď Enterobacteriaceae, rody Acinetobacter a Pseudomonas aj.) tvoří u mnoha potravin významnou či nejčetnější část jejich bakteriomu. Zároveň jsou pro tyto bakteriální skupiny častými nositeli a šiřiteli genů rezistence k antibiotikům (např. různými mechanismy horizontálního genového transferu). Přítomnost genů rezistence k antibiotikům, často vázaných na různé mobilní genetické elementy, může však svým nositelům přinášet nejenom benefity, ale v některých případech naopak působit negativně na některé fyziologické a další vlastnosti (např. schopnost růstu). Znalost vlivu přítomnosti genů rezistence k antibiotikům na vlastnosti významné pro šíření bakterií v potravinovém řetězci (např. tvorba biofilmu, schopnost růstu, odolnost vůči zátěžovým environmentálním podmínkám aj.) je poté významná pro stanovení potenciálu jejich šíření v potravinovém řetězci a vývoj metod pro jeho snížení. Cílem práce bude studium a srovnání izolátů výše uvedených skupin gramnegativních bakterií izolovaných z potravin s rozdílným profilem antibiotické rezistence. Bude proveden výběr významných genů rezistence k antibiotikům, vyskytujících se u potravinových izolátů výše uvedených skupin gramnegativních bakterií. Dále bude zjištěn výskyt těchto genů rezistence k antibiotikům ve vybraných potravinách. Bude rovedena izolace a kvantifikace cílových bakteriálních skupin, genotypová a fenotypová charakterizace získaných izolátů a srovnání četnosti výskytu různých genotypů a fenotypů. Pro studium budou použity moderní metodické přístupy jako metody sekvenování nové generace (např. nanopórové sekvenování), qPCR, MALDI-TOF MS a vybrané klasické kultivační mikrobiologické metodiky.

Vztah endofytní mikroflory a metabolomu rostlin

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní program: Mikrobiologie

Anotace

V poslední době je předmětem intenzivního vědeckého zájmu výzkum zaměřený na studium neobvyklých přírodních zdrojů a neprozkoumaných míst výskytu mikroorganismů. Bylo prokázáno, že vztahy endofytních bakterií a mikroskopických vláknitých hub s rostlinami mají velký potenciál vytvářet nové vzácné sekundární metabolity s jedinečnými zdraví prospěšnými, technologickými a nutričními vlastnosti. Podstatou práce bude studium vzájemných vztahů mezi mikrobiálními endofyty a rostlinami. K tomu budou využity pokročilé nástroje moderní analytické chemie – metabolomický fingerprinting / profilování pomocí vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie. Bude posuzován i potenciál endofytů bránit růstu patogenních vláknitých hub a tvorbě mykotoxinů.

Vztah struktury a funkce u proteinů sekrečního aparátu typu III u bakterií rodu Bordetella

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Studijní programy: Mikrobiologie, Microbiology
Vedoucí práce: prof. Ing. Peter Šebo, CSc.

Anotace

Sekreční systém typu III (T3SS) je komplikovaný molekulární aparát jehlovitého tvaru někdy označovaný jako injektozom, který umožňuje přímou dopravu efektorových molekul z cytosolu bakterií do cytosolu cílových buněk. Cílem dizertační práce bude objasnit vztah struktury a funkce proteinů sekrečního aparátu typu III u bakterií rodu Bordetella. Konkrétně, proteinu BopN, který je homologní k proteinům regulující aktivitu sekrečního aparátu typu III; Bsp22 proteinu, který vytváří unikátní koncovou strukturu aparátu a efektoru BteA s neznámým mechanismem fungování. Dojde k vytvoření reportérového systému pro sledování translokace substrátových proteinů T3SS, a struktura aparátu bude dále charakterizována pomocí kryo-elektronové a super-rezoluční mikroskopie. Tyto přístupy dále doplníme krystalizačními studiemi purifikovaných proteinů, případně jejich doménami či mutovanými variantami.


VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi