Ústav informatiky a chemie

Garantující pracoviště:	Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. Ústav informatiky a chemie
Studijní program/specializace:	Bioinformatika ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace

Nádorové mikroprostředí výrazně ovlivňuje chování nádorů od jejich vzniku, přes proliferaci, až po vznik metastáz. Dizertační práce se bude zabývat heterogenitou buněčných typů přítomných v nádorovém mikroprostředí a heterogenitou buněk jednotlivých zastoupených typů, například nádorově asociovaných fibroblastů, a to pomocí funkčně genomických postupů na celogenomové úrovni a na úrovni jednotlivých buněk. Výsledky analýz budou statisticky zpracovány a interpretovány v kontextu buněčných signálních drah s cílem nalézt nové nádorové markery či terapeutické cíle.

Garantující pracoviště:	Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. Ústav informatiky a chemie
Studijní program/specializace:	Bioinformatika ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace

Nádorové mikroprostředí výrazně ovlivňuje chování nádorů od jejich vzniku, přes proliferaci až po vznik metastáz. Epigenetické změny, které jsou velmi často pozorovány u nádorových buněk, velmi pravděpodobně ovlivňují i chování ostatních komponent nádorového mikroprostředí, například nádorově asociovaných fibroblastů. Dizertační práce se bude zabývat epigenetickými změnami v buňkách nádorového mikroprostředí, popisem změn v přístupnosti chromatinu na celogenomové úrovni, jejich statistickým zpracováním a interpretací změn v kontextu buněčných signálních drah s cílem nalézt nové nádorové markery či terapeutické cíle.

Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Garantující pracoviště:	Ústav informatiky a chemie Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace:	Bioinformatika ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	RNDr. Edvard Ehler, Ph.D.

Anotace

Rozvoj technologií starověké DNA (aDNA) v posledních letech dal vzniknout obrovskému množství vzorků lidského genomu, zejména z prehistorické Evropy. Většina známých vzorků pochází z prvních čtyř tisíciletí před naším letopočtem, období popisovaných jako neolit, doba bronzová a doba železná na základě souvisejících archeologických nálezů. Tyto populace jsou popsány především pomocí jejich kulturních rysů (archeologických nálezů, např. keramiky, pohřebnictví, příprava potravy, technologie). Biologický vztah mezi různými populacemi žijícími v té době se teprve začíná odhalovat. Doktorand/ka bude asistovat při bioinformatickém zpracování genomových vzorků aDNA (v rámci oceněného mezinárodního grantového projektu CZ-PL Weave) se zaměřením na populace z doby bronzové a železné ze střední Evropy. Získaná genomická data budou využita v hlavním cíli navrhovaného doktorského projektu – otestovat různé metody detekce populační substruktury a podobností a identifikaci populačních příměsí nebo izolačních událostí. Zájemce o pozici bude vyzván, aby otestoval různé metody populační genetiky, stejně jako moderní techniky snižování rozměrů a strojového učení a přístupy k popisu a pochopení genomických dat na úrovni populace. To by nám mělo umožnit lépe rozpoznat genetické pozadí cílových populací, odhadnout tok genů mezi nimi a tím i regionální variabilitu a pomoci nám zjistit jejich sociální strukturu, sňatkové vzorce a identifikovat možné migrace.