Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
iduzel: 62516
idvazba: 74367
šablona: stranka
čas: 26.9.2022 10:28:44
verze: 5159
uzivatel:
remoteAPIs: https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/program?weburl=/zajemci-o-phd/doktorske-programy/
branch: trunk
Server: 147.33.89.150
Obnovit | RAW
iduzel: 62516
idvazba: 74367
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'phd.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/zajemci-o-phd/doktorske-programy/program/22310/D104'
iduzel: 62516
path: 1/50375/50376/51163/51210/667/62516
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW

Bioinformatika

Bioinformatika

Doktorský program, Fakulta chemické technologie

Cílem DSP programu Bioinformatika je vychovat odborníky ve stejnojmenné vědní disciplíně, která je skloubením molekulární a buněčné biologie, biochemie, statistiky a počítačové vědy. Bioinformatika se zabývá vývojem nástrojů pro správu biologických databází, algoritmů pro zpracování molekulárně-biologických dat a metod pro analýzu, interpretaci a vyhledávání vztahů v těchto datech. U většiny řešených projektů je kladen důraz na biologickou stránku věci a jejich cílem je pochopení komplexních souvislostí ve studovaných biologických jevech. Řešíme však i témata orientovaná informatickým směrem z oblasti vývoje algoritmů či metod zpracování dat.

Uplatnění

Kombinace přírodovědného a informatického vzdělání dává absolventům DSP Bioinformatika dobré předpoklady uplatnit se v interdisciplinárních týmech. Absolventi naleznou uplatnění v široké škále oblastí, kde se zpracovávají data získaná instrumentální analýzou biologického vzorku. Při odchodu do praxe se mohou absolventi též opřít o širokou znalost informatiky a uplatnit se při vývoji softwarových technologií především pro oblast datové analytiky. Další uplatnění naleznou absolventi ve vědeckých infrastrukturách budovaných v ČR v rámci evropských operačních programů. Vzhledem k trvajícímu nedostatku expertů s takto koncipovaným interdisciplinárním vzděláním i mimo ČR se absolventi dobře uplatní také v zahraničí. Typické pozice, jež může zastávat absolvent DSP Bioinformatika: - výzkumník základního či aplikovaného výzkumu veřejného či soukromého sektoru v oblasti biomedicíny, klinické medicíny, medicinální a farmaceutické chemie, potravinářství, zemědělství, biotechnologií či kriminalistiky. Typické pozice jsou postdoc, programátor, research associate, research fellow, project leader, project manager. - vysokoškolský pedagog v oblasti bioinformatiky, výpočetní biologie a chemie nebo aplikované informatiky. Typické pozice jsou odborný asistent, asistent, lektor. - softwarový vývojář či datový analytik v IT firmách. - odborné pracovní pozice, které vyžadují organizační a analytické schopnosti a odbornou expertizu nejenom v bioinformatických oborech. Typické pracovní pozice zahrnují státní správu na nejvyšších manažerských úrovních, organizace, které se metodicky a organizačně věnují vědě a výzkumu, případně neziskové a osvětové organizace.

Detaily programu

Jazyk výuky český
Standardní doba studia 4 roky
Forma studia prezenční
Garant studia prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
Místo studia Praha
Kapacita 8 studentů
Kód akreditace (MŠMT kód) P0588D030001
VŠCHT kód D104
Počet vypsaných témat 8

Vypsané disertační práce pro rok 2022/23

Buněčná heterogenita nádorového mikroprostředí

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Školitel: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace


Nádorové mikroprostředí výrazně ovlivňuje chování nádorů od jejich vzniku, přes proliferaci, až po vznik metastáz. Dizertační práce se bude zabývat heterogenitou buněčných typů přítomných v nádorovém mikroprostředí a heterogenitou buněk jednotlivých zastoupených typů, například nádorově asociovaných fibroblastů, a to pomocí funkčně genomických postupů na celogenomové úrovni a na úrovni jednotlivých buněk. Výsledky analýz budou statisticky zpracovány a interpretovány v kontextu buněčných signálních drah s cílem nalézt nové nádorové markery či terapeutické cíle.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Endogenní retroviry a jejich antigenní prezentace.

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Školitel: Mgr. Jan Pačes, Ph.D.

Anotace


Endogenní retroviry tvoří miliony jednotlivých integrací přítomných v genomech všech obratlovců. Tyto integrace představují historii retrovirových infekcí které díky retrovirové schopnosti integrovat se i do chromozomální DNA pohlavních buněk získaly schopnost fixovat se v populaci během evoluce. Přesto, že během doby ztratily endogenní retroviry schopnost infekce, přítomnost silných promotorů v jejich sekvencích jim zřejmě umožňuje exprimovat některé své geny v hostitelských buňkách. Tato práce ověří pomocí scRNA-Seq, do jaké míry jsou ERV prezentovány jako vlastní antigeny a účastní se negativní selekce T buněk.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Epigenetické změny při nádorových onemocněních

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Školitel: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace


Nádorové mikroprostředí výrazně ovlivňuje chování nádorů od jejich vzniku, přes proliferaci až po vznik metastáz. Epigenetické změny, které jsou velmi často pozorovány u nádorových buněk, velmi pravděpodobně ovlivňují i chování ostatních komponent nádorového mikroprostředí, například nádorově asociovaných fibroblastů. Dizertační práce se bude zabývat epigenetickými změnami v buňkách nádorového mikroprostředí, popisem změn v přístupnosti chromatinu na celogenomové úrovni, jejich statistickým zpracováním a interpretací změn v kontextu buněčných signálních drah s cílem nalézt nové nádorové markery či terapeutické cíle.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Generativní modely pro de novo návrh molekul

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Školitel: prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.

Anotace


De novo návrh molekul je proces počítačového návrhu nových chemických struktur, které vyhovují požadovanému molekulárnímu profilu. V procesu počítačového návrhu léčiv je takovým profilem míněna schopnost sloučeniny vyvolat žádoucí biologickou odezvu při zachování vhodných farmakokinetických vlastností. De novo návrh molekul se označuje také jako generativní chemie, což vyplývá z rostoucí popularity generativních modelů v umělé inteligenci. Ačkoliv moderní generativní metody umožňují nebývalé pokrytí chemického prostoru, mnoho aspektů jejich použití stále není dostatečně pochopeno. Cílem této disertační práce je systematické srovnání vybraných generativních metod a strategií a studium kvality generovaných virtuálních knihoven.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav informatiky a chemie, VŠCHT Praha

Genetická rekombinace a reprodukční izolace na modelu Mus musculus

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Školitel: prof. MUDr. Jiří Forejt, DrSc.

Anotace


Cílem navrhovaného dizertačního projektu je objasnit epistatické interakce PRDM9 histon metyltransferázy s X-vázaným genetickým faktorem Hstx2 v meiotické rekombinaci a samčí neplodnosti mezi-poddruhových hybridů. Naše laboratoř identifikovala Prdm9 jako první gen obratlovců, který se účastní reprodukční izolace mezi druhy. PRDM9 protein predeterminuje meiotické rekombinační hotspoty uvnitř druhu k zajštění crossing-overů, chromozomálního párování a diferenciace pohlavních buněk, ale u mezdruhových hybridů tentýž gen zapřičiňuje meiotickou zástavu a hybridní sterilitu prostřednicvím persistence DNA dvojřetězcových zlomů, poruchy rekombinace a následnou poruchou párování chromozomů. Proces je modulován Hstx2 genetickým faktorem lokalizovaným v 2.7 Mb intervalu chromozomu X. Hlavním úkolem projektu je identifikovat genomickou sekvenci odpovědnou za Hstx2 efekt s použitím panelu bioinformatických nástrojů pro mRNA expresní profilování pomocí Next generation RNA sequencing (RNA-seq), pro sekvenaci imunoprecipitovaného chromatinu (ChIP-seq) a pro mapování lokusů kvantitativních znaků (QTL).
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Komplexní charakterizace transkriptomu a proteomu v tkáních lidských novorozenců

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.
Školitel: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace


Časné postnatální období je důležité nejen pro rozvoj klíčových fyziologických funkcí novorozenců, ale i pro naprogramování metabolických rysů, které se mohou projevit až během dospívaní nebo později. Je k dispozici biobanka tkání lidských novorozenců, většinou předčasně narozených dětí, které zemřely různě dlouhou dobu po porodu. Probíhá charakterizace transkriptomu (RNAseq) a proteomu v tkáních. Projekt je zaměřen na analýzu dat s cílem odhalit různé aspekty raného lidského vývoje a jeho kontroly. Projekt bude probíhat v úzké spolupráci mezi laboratoří Biologie tukové tkáně Fyziologického ústavu AV ČR (http://www.fgu.cas.cz/en/departments/adipose-tissue-biology ), Ústavem dědičných metabolických poruch 1. Lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze (http://udmp.lf1.cuni.cz/en/genomics-and-bioinformatics-laboratory ) a Oddělením genomiky a bioinformatiky na Ústavu molekulární genetiky AV ČR (https://www.img.cas.cz/vyzkum/michal-kolar/).
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Mapování metabolomu na metabolické dráhy

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.
Školitel: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace


Metabolomika poskytuje informace o koncentracích metabolitů a je funkčně nejblíže biologickým projevům genomu a proteomu. Ač na sebe jednotlivé omiky logicky navazují, z pohledu integrace dat je každá tato vědní oblast na jiné úrovni poznání. Cílem práce je vyvinout specifický přístup, kterým budou zpracovávána metabolomická data (koncentrace metabolitů) do formátu metabolických drah (Wikipathways, SMPDB, atd.) a jejich následná integrace s proteomickými a genomickými daty. Součástí práce je pochopení konceptu LC-MS metabolomiky, anotování metabolitů dle databází, práce s identifikátory metabolitů na různých úrovních identifikace (sumární vzorec, přesná struktura,...), programování skriptů a aplikací v Pythonu a R, vizualizace metabolických drah z databází i dle vlastních návrhů. Pomocí výsledné metodiky budou zpracovány omické projekty založené na klinických studiích i zvířecích modelech získané rámci spolupráce pracovišti u nás i v zahraničí. Práce bude realizována na FGÚ AV ČR, kde se náchází metabolomická i proteomická servisní laboratoř. Práce je finančně zajištěna z pohledu materiálu i úvazku. Předpokladem úspěchu je znalost programovacích jazyků pro práci s daty (Python, R), základy biochemie (metabolity, dráhy, buněčné kompartmenty) a přehled v omických disciplínách.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Vliv používání zastaralých chemických sloučenin na bioaktivitní data

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Školitel: Ing. Ctibor Škuta, Ph.D.

Anotace


Vysoce kvalitní chemické sloučeniny, jako jsou chemické sondy (angl. chemical probes), se běžně používají ke studiu funkce genů, validaci molekulárních cílů nebo k rozboru komplexních procesů v buňkách a organismech. Při použití v rámci biologického experimentu je výběr kvalitní chemické sloučeniny zásadním krokem, který má velký vliv na jeho výsledek. Ukázalo se, že mnohé z těchto látek, které byly dříve považovány za účinné a selektivní, jsou buď 1) promiskuitní, schopné vázat se na desítky nebo dokonce stovky cílů, nebo 2) interferují s testem a poskytují tak neplatné informace o zkoumaném biologickém systému. Data získaná pomocí těchto sloučenin jsou náchylná k nepřesnostem nebo jsou zcela nesprávná, ale přesto se jich stále produkuje velké množství. Následkem toho jsou vynakládány obrovské prostředky na biologické experimenty založené na chybných předpokladech, stejně jako na rozšíření těchto dat do výpočetních modelů, a tedy na jejich zkreslování. Cílem tohoto projektu je analyzovat současný stav na poli referenčních sloučenin používaných v rámci biologických experimentů, vytvoření pracovního postupu pro odhalování zastaralých sloučenin a souvisejících nesprávných dat, a vývoj uživatelsky přívětivých aplikací pro výběr správných látek pro konkrétní molekulární cíl.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Aktualizováno: 6.1.2022 11:28, Autor: Jan Kříž

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi