Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT Web PhD  → Zájemci o doktorské studium → Doktorské studijní programy a vypsaná témata prací → Vypsaná témata disertačních prací → Výpis vypsaných témat disertačních prací
iduzel: 63416
idvazba: 75599
šablona: stranka
čas: 24.5.2024 15:36:48
verze: 5420
uzivatel:
remoteAPIs: https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/prace?weburl=/zajemci-o-phd/doktorske-programy/temata-disertacnich-praci
branch: trunk
Server: 147.33.89.153
Obnovit | RAW
iduzel: 63416
idvazba: 75599
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'phd.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/zajemci-o-phd/doktorske-programy/temata-disertacnich-praci/prace/druh/I/jazyk/cs/ustav/007'
iduzel: 63416
path: 1/50375/50376/51163/51210/667/52779/63416
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Aplikace strojového učení v oblasti biochemie

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace


Naše laboratoř kombinuje nejnovější experimentální (např. hmotnostní spektrometrie, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy a vyvíjí rychlé, obecně použitelné postupy pro objevování a využití bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Hledáme talentovaného studenta pro vývoj modelů strojového učení za účelem predikce funkce enzymů zapojených do specializovaných biosyntetických drah.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Fotochemie a spektroskopie organických radikál iontů

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: RNDr. Tomáš Slanina, Ph.D.

Anotace


Stabilní radikál kationty a anionty jsou unikátní molekuly, které našly četná uplatnění ve fotovoltaice, organické elektronice, bateriích a katalýze. Zatímco elektrochemická a redoxní příprava radikál iontů byla v minulosti podrobně studována, málo je známo o jejich fotochemii. Doktorand/ka připraví radikál ionty založené na triarylaminech, hexaarylethanech, perylen diimidech, chinonech a dalších motivech, a bude studovat jejich fotochemickou stabilitu a reaktivitu v pro aplikace ve fotoredoxní katalýze a katalýze přenosem atomu vodíku. Doktorand/ka použije standardní a časově rozlišenou spektroskopii stabilních radikál iontů pro objasnění mechanismů fotochemických redoxních reakcí.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Inhibitory intramembránových proteas z rodiny rhomboidů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Kvido Stříšovský, Ph.D.

Anotace


Navrhovaný doktorský projekt se zaměří na vývoj inhibitorů a sond pro intramembránové proteázy z rodiny rhomboidů, které se podílejí na regulaci mitofágie, invaze parazita způsobujícího malárii a homeostázy epitelu. Předchozí práce v laboratoři školitele ukázala, že peptidyl ketoamidy jsou silnými inhibitory rhomboidních proteáz. Cílem disertační práce bude vytvořit platformy pro zkoumání a zlepšení účinnosti a selektivity této třídy sloučenin pro rhomboidy a vyvinout účinné inhibitory a sondy pro specifické romboidní proteasy zapojené do Parkinsonovy choroby a epiteliální homeostázy. Tyto sloučeniny umožní a usnadní biologické studie proteinů z rodiny rhomboidů a poslouží jako východisko pro potenciální farmakologické aplikace.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Inhibitory metyltransferáz

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Radim Nencka, Ph.D.

Anotace


Dizertační práce bude zaměřena na výzkum nových inhibitorů metyltransferáz. Tyto enzymy hrají důležitou roli v patogenezi mnoha onemocnění a jsou nezbytné pro životní cyklus mnoha původců infekčních onemocnění. V rámci této práce se student bude zabývat racionálním designem a syntézou nových inhibitorů metyltransferáz, které jako donor metylové skupiny používají S-adenosylmetionin (SAM). Bude studovat jak deriváty SAM tak sloučeniny získané pomocí screeningu. Bude využívat výpočetní metody pro návrh a optimalizaci nových derivátů.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Katalytická stereoselektivní syntéza nepolapitelných atropoizomerů pro urychlení objevu léků

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Dr. Paulo Paioti

Anotace


Atropisomery jsou konformační izomery vznikající omezenou rotací kolem jednoduché vazby. Naším hlavním cílem je vývoj stereoselektivních syntetických metod, vedoucích ke konformačně omezeným atropisomerům s potenciálem stát se novými léčivy. Atropisomery jsou chirální a vytvářejí dva nebo více izomerů s odlišnými farmakologickými vlastnostmi. Tyto vlastnosti souvisejí s nedostatečně pochopenou základní otázkou, jak konformační změny od nechirálních a flexibilních k chirálním a více rigidním, ovlivňují schopnost molekuly interagovat s biologickými receptory. Pro studium těchto konceptů je však nejprve nutné vytvořit a syntetizovat tuto náročnou třídu sloučenin. Hlavním problémem je, že atropisomery jsou z principu stericky bráněné a potenciálně konfiguračně nestabilní. V souladu s tím budeme vyvíjet nové katalytické metody a strategie syntézy, s nadějí na poskytnutí efektivních, praktických a (atropo)selektivních metod.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Kryogenní elektronová mikroskopie strukturní biologie nemocí: Racionální design inhibitorů RNA polymerázy viru chřipky na bázi virových RNA

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Tomáš Kouba, Ph.D.

Anotace


Účinná léčba proti virům chřipky často selhává kvůli virové rezistenci. Zkoumání a vývoj nových léčiv je náročné, protože existuje pouze omezený počet antivirových terapeutických cílů pro racionální návrh léků. Tento projekt bude řešit obojí; prozkoumá a ověří nový terapeutický cíl a vyvine proti němu inhibitory. Nedávné výsledky ve strukturní biologii chřipkové RNA-dependentní RNA polymerázy (FluPol) pomocí kryogenní elektronové mikroskopie (cryo-EM) identifikovaly nový obecný mechanismus v procesu transkripce a replikace virové genomové RNA. Mechanismus je zcela závislý na vazbě virových endogenních molekul RNA na specifická vazebná místa na FluPol. S pomocí již existujících cryo-EM struktur komplexů virových RNA s FluPol navrhneme inhibitory založené na RNA sekvenci, atomové struktuře a interakcích s bílkovinou FluPol. Navíc navrhneme rozsáhlou chemickou modifikaci těchto RNA molekul. Poté otestujeme, zda takto modifikovaně RNA mohou inhibovat FluPol in vitro a v experimentech na buňkách. Zacílení na tato FluPol vazebná místa RNA a použití modifikovaných molekul na bázi RNA je inovativní koncept a očekává se, že bude robustní proti vývoji virové rezistence.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Modifikované nukleotidy pro selekci funkčních nukleových kyselin a přípravu značených sond pro chemickou biologii

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Michal Hocek, DSc.

Anotace


Budeme navrhovat a syntetizovat modifikované nukleosid trifosfáty nesoucí různé funkční skupiny pro enzymovou syntézu modifikovaných oligonukleotidů pro selekci nových funkčních nukleových kyselin (napr. aptamerů or aptazymů) a přípravu fluorescenčních nebo redoxních sond pro aplikace v chemické biologii. References: 1. Hocek, M.: "Enzymatic Synthesis of Base-Functionalized Nucleic Acids for Sensing, Cross-linking, and Modulation of Protein–DNA Binding and Transcription" Acc. Chem. Res. 2019, 52, 1730-1737. 2. Micura, R.; Höbartner, C. Fundamental studies of functional nucleic acids: aptamers, riboswitches, ribozymes and DNAzymes. Chem. Soc. Rev. 2020, 49, 7331–7353.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Multifotochromní molekulární stroje

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Jiří Kaleta, Ph.D.

Anotace


Propojením dvou a více různých fotospínačů (molekul, jejichž geometrii lze reverzibilně spínat působením světla) budou získány komplexní multifotochromní systémy. Působením světla o vhodné vlnové délce pak mohou být selektivně aktivovány/spínány jejich jednotlivé části (spínače a jednosměrné molekulární motory). Cílem Ph.D. projektu je příprava a studium těchto unikátních molekul a jejich případné použití pro konstrukci funkčních prototypů molekulárních strojů. Pozornost bude soustředěna jak na různé kombinace fotospínačů, tak na způsob jejich vzájemného propojení (orthogonální vs. neortogonální).
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Nové cytostatické nukleosidy a nukleotidy s novými mechanism účinku

Garantující pracoviště: Ústav chemie přírodních látek
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Michal Hocek, DSc.

Anotace


Budou navrhovány a syntetizovány nové modifikované nukleosidy a nukleotidy jako potenciální cytostatika s novými mechanismy účinku, např. Modulace receptorů nebo aktivace cytostatických proteinů. Vybrané aktivní látky budou dále optimalizovány s cílem identifikace kandidátů na další preklinický vývoj potenciálních léčiv. References: 1. Jordheim, L. P.; Durantel, D.; Zoulim, F.; Dumontet, C. Advances in the development of nucleoside and nucleotide analogues for cancer and viral diseases. Nat. Rev. Drug Discov. 2013, 12, 447–464. 2. Perlíková, P.; Hocek, M. Pyrrolo[2,3-d]pyrimidine (7-deazapurine) as a privileged scaffold in design of antitumor and antiviral nucleosides. Med. Res. Rev. 2017, 37, 1429–1460.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Nové inhibitory enzymů záchrany nukleotidů s potenciálními protirakovinnými účinky

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Zlatko Janeba, Ph.D.

Anotace


Cílem projektu je návrh a syntéza nových inhibitorů enzymů záchrany nukleotidů (např. fosforibosyl transferázy, fosforylázy) a vyhodnocení jejich biologických vlastností (ve spolupráci s biochemickými skupinami). Takové inhibitory mají potenciál při léčbě různých typů rakoviny.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Příprava a použití nabitých heterodienů v bioortogonálních reakcích

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Milan Vrábel, Ph.D.

Anotace


Naše skupina nedávno popsala vývoj a první aplikace N1-alkyl-1,2,4-triaziniových solí v bioortogonálních reakcích (Angew. Chem. Int. Ed., 2023, e202306828). V tomto projektu chceme podrobněji prozkoumat chemii těchto nabitých heterodienů (příprava derivátů a studium vlivu různých substituentů na jejich reaktivitu a stabilitu v biologickém prostředí). Kromě toho chceme vyvinutá činidla aplikovat v aplikacích pro selektivní modifikaci biomolekul až po buněčné aplikace (např. bioimaging). Projekt kombinuje syntetickou organickou chemii, reakční kinetiku a studie stability s biologickými experimenty, které budou prováděny především ve spolupráci s biology ve skupině.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Regulace růstu a metabolismu

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: David Marcelo Sabatini, M.D., Ph.D.

Anotace


Máme dlouhodobý zájem o regulaci růstu a metabolismu, který pramení z naší rané práce studující dráhu proteinkinázy mTOR. Ta je považována nyní za hlavní regulátor růstu a anabolismu u eukaryot a reaguje na různé podněty, včetně živin. Během naší práce jsme zjistili, že lysozomy hrají klíčovou roli v aktivaci mTORC1 pomocí živin. Proto jsme začali studovat lysozomy i jiné organely. Dostupné projekty: (1) Detekce živin pomocí mTOR. Zaměříme se na: identifikaci senzoru pro glukózu v dráze mTORC1 a nutričního senzoru u jiných živočichů než u savců; pochopení, jak fungují známé senzory živin in vivo; a objasnění biochemické funkce GATOR2. (2) Lysozomy v normální fyziologii a nemoci. Pomocí metodologie Lyso-IP a screeningu CRISPR se budem snažit: pochopit, jak neurodegenerativní onemocnění ovlivňují funkci lysozomů; identifikovat obsah lysozomů ve specializovaných buňkách, jako jsou imunitní buňky. (3) Metody studia metabolismu malých molekul in vivo. Budeme se snažit vyvinout metody ke studiu metabolismu sacharidů v myších buňkách in vivo. (4) Vývoj léčivům podobných látek. Ve spolupráci s chemiky na IOCB a i jinde se budeme snažit vyvinout léčivům podobné látky, které cílí na komponenty mTOR dráhy a také na lysozomální a mitochondriální proteiny.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Sekvenčně specifická enzymová syntéza RNA s modifikovanými bázemi

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Michal Hocek, DSc.

Anotace


Budeme designovat a syntetizovat modifikované ribonukleosid trifosfáty nesoucí různé funkční skupiny na nukleobázi. Tyto nukleotidy budou využity pro sekvenčně specifickou enzymovou syntézu oligonukleotidů (RNA) nesoucích značky nebo modifikace ve specifických polohách pomocí upravených DNA polymeras. Aplikace budou zahrnovat tRNA, mRNA, sgRNA apod. References: 1. Micura, R.; Höbartner, C. Fundamental studies of functional nucleic acids: aptamers, riboswitches, ribozymes and DNAzymes. Chem. Soc. Rev. 2020, 49, 7331–7353. 2. Milisavljevic, N.; Perlíková, P.; Pohl, R.; Hocek, M. Enzymatic synthesis of base-modified RNA by T7 RNA polymerase. A systematic study and comparison of 5-substituted pyrimidine and 7-substituted 7-deazapurine nucleoside triphosphates as substrates. Org. Biomol. Chem. 2018, 16, 5800-5807.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Studium vstupu respiračních virů do buňky: Porovnání interaktomů koronavirů a viru chřipky A během časné fáze infekce

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Jan Weber, CSc.

Anotace


Vstup virů do hostitelské buňky je důležitý první krok, hlavně u respiračních virů s velkým pandemickým potenciálem jako je SARS-CoV-2 a virus chřipky A. Porovnání interaktomů koronavirů a viru chřipky A a porozumění časným interakcím virových a buněčných proteinů může pomoci při vývoji cílené, nebo naopak širokospektrální antivirové terapie. Hlavním cílem tohoto projektu je porozumět virovým a buněčným faktorům ovlivňujícím vstup respiračních virů do buňky. Za tímto účelem použijeme několik kmenů koronavirů a viru chřipky A, u kterých je známo, že využívají různé cesty vstupu do hostitelské buňky, a porovnáme jejich buněčný interaktom v době vstupu a během časných fází infekce. Z identifikovaných buněčných interakčních partnerů budou vybráni zajímaví kandidáti, kteří budou dále zkoumáni z hlediska jejich role v životním cyklu viru. Student se naučí pracovat s tkáňovými kulturami v laboratoři s úrovní technického zabezpečení 3, analyzovat proteomická a bioinformační data, a provádět siRNA experimenty snižující genovou expresi v savčích buňkách infikovaných různými viry. Navržený projekt rozšíří naše současné vědění o časné fázi infekce savčích buněk respiračními viry.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Totální syntézy komplexních indoloterpenových akaloidů a jejich analogů

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Dr. habil. Ullrich Jahn

Anotace


V rámci projektu budou vyvinuty syntézy komplexních indoloterpenových akaloidů a jejich analogů, vykazující různorodé biologické aktivity.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Aktualizováno: 16.2.2022 00:25, Autor: Jan Kříž

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČ: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi