Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	RNDr. Irena G. Stará, CSc.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Cílem projektu je vyvinout přípravu nových deformovaných a chirálních nanouhlíkových systémů, jakými jsou helikální pi-konjugované makrocykly nebo cykloareny. Chirální látky budou připraveny v opticky čisté formě skrze resoluci racemátů či pomocí asymetrické syntézy. Budou studovány jejich (chir)optické vlastnosti, samoskladba v 2D/3D prostoru, aromatický charakter a jejich konformační či redoxní chování s cílem identifikovat jejich možné aplikace v chemii či nanovědě.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	prof. Ing. Michal Hocek, DSc.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Tématem disertace bude design a enzymová syntéza hypermodifikovaných xeno-nukleových kyselin s kombinací modifikací na bázi, cukerné části a fosfátových spojkách. Po optimalizaci metodiky budou připravovány a testovány hypermodifikované XNA oligonukleotidy jako potenciální terapeutika.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	RNDr. Ivo Starý, CSc.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

V rámci doktorského projektu bude vyvíjena nová třída helikálně chirálních kovových komplexů určených pro enantioselektivní katalýzu. Hlavní část práce se bude věnovat návrhu jejich designu a syntéze. Katalytický potenciál připravených systémů bude následně ověřen na modelových enantioselektivních transformacích katalyzovaných tranzitními kovy, zejména na cykloisomerizaci alkynů, (foto)redoxních a aktivačních procesech.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	RNDr. Tomáš Slanina, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Multiplicita excitovaných stavů hraje klíčovou roli při řízení fotochemické reaktivity. Excitované organické molekuly se nejčastěji vyskytují v singletovém nebo tripletovém excitovaném stavu. Singletové stavy mívají typicky krátkou dobu života (řádově ns) a často vykazují výrazný zwitteriontový charakter. Naproti tomu tripletové excitované stavy mají díky své diradikálové povaze podstatně delší dobu života (řádově ?s až ms), což umožňuje i difuzně řízené intermolekulární procesy. Rozdílné fotochemické chování singletů a tripletů bylo dosud většinou interpretováno fenomenologicky, přičemž jako hlavní faktory se uvádějí právě jejich doby života a zwitteriontový či diradikálový charakter. Základní příčina tohoto rozdílu — elektronový spin — však při racionalizaci fotochemické reaktivity často zůstává opomíjena. Doktorand(ka) se proto zaměří na návrh a studium multiplicitně řízených fotoreakcí, vycházejících z prvních principů a zohledňujících spin–spinové interakce i spinová výběrová pravidla.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Mgr. Jiří Kaleta, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Disertační práce bude zaměřena na mechanistické principy tzv. photogearingu na molekulární úrovni, tedy na převod světlem řízeného primárního pohybu na mechanicky vázanou sekundární rotaci. Zatímco řada molekulárních systémů vykazuje fotoindukované strukturní změny, pouze omezené množství z nich umožňuje skutečný přenos pohybu analogický makroskopickým ozubeným kolům. Cílem práce je objasnit, jak lze unidirekcionální molekulární motory kombinovat s původně Brownovsky rotujícími jednotkami tak, aby byl jejich pohyb vynuceně korelovaný a směrový. Projekt propojí návrh a syntézu molekul, fotochemická a kinetická měření a detailní mechanistickou analýzu, umožňující rozlišit skutečné mechanické vazby od čistě energetických či allosterických efektů. Výsledky přispějí k formulaci obecných návrhových principů molekulárních fotopřevodů a k hlubšímu porozumění řízení pohybu v umělých molekulárních strojích.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Mgr. Jitka Štáfková, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Terpenoidy představují nejrozmanitější a početně nejbohatší skupinu přírodních látek, které jako sekundární metabolity hrají roli v komunikaci a obraně organismů. Jejich biosyntéza je s ohledem na využití v průmyslu dobře prostudovaná u rostlin a některých mikroorganismů. Mezi živočichy jsou terpenoidy nejvýrazněji zastoupeny u hmyzu, kde ale homologní terpensynthasy obecně nejsou přítomny a kde byl v několika příkladech doložen vznik terpensynthasové aktivity u duplikovaných genů pro isoprenyldifosfátsynthasy. V rámci tohoto doktorského projektu bude student*ka hledat kandidátní sekvence terpensynthas v genomických a transkriptomických datasetech z několika ekonomicky významných druhů hmyzu. Tyto enzymy bude funkčně charakterizovat s použitím různých expresních systémů a hledat u nich strukturní rysy spojené s doloženou enzymatickou aktivitou. Doktorský projekt bude součástí širšího výzkumného záměru podpořeného grantem Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (INTER COST, 2024-2027).

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:
Dále nabízena v programech:	Chemie ( výuka v českém jazyce ), Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Dr. habil. Ullrich Jahn
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Právě jsme dokončili přístupy ke glycinovým alkoxyaminům, které jsou velkým příslibem v biokonjugaci. V rámci tohoto projektu bude prozkoumán potenciál těchto nepřírodních derivátů aminokyselin pro přístup k novým peptidovým strukturám.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Ing. Zlatko Janeba, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Cílem projektu je navrhnout, syntetizovat a strukturně optimalizovat (studie SAR) potenciální inhibitory enzymů PRMT5/MAT2. Takové inhibitory vykazují protinádorovou aktivitu u rakovin s delecí/inhibicí enzymu MTAP. Biologické vlastnosti připravených látek budou vyhodnoceny ve spolupráci s dalšími vědeckými skupinami. Klíčová slova: PRMT5/MAT2, inhibitory; syntéza; strukturně-aktivitní studie

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Dr. Paulo Paioti
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Naše skupina nedávno vyvinula metodu nukleofilní aromatické substituce pro syntézu léčivých atropizomerů, chirálních konformačních izomerů vznikajících omezenou rotací jednoduché vazby. V této souvislosti jsme objevili fluoridem katalyzovanou reakci, která je mimořádně účinná. V této doktorské práci budeme dále zkoumat tuto metodu pro syntézu atropizomerů a dalších bioaktivních sloučenin. Primárním cílem je pokrok v oblasti katalytické organické syntézy. Ve spolupráci budeme hodnotit biologickou aktivitu jedinečných molekul syntetizovaných v průběhu projektu.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Ing. Zlatko Janeba, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

5?-Methylthioadenosinová nukleosidáza (MTAN) je uznávaným cílem pro vývoj potenciálních antibakteriálních látek. Inhibitory MTAN proto mohou mít uplatnění v léčbě bakteriálních infekcí. Cílem projektu je návrh, syntéza a strukturní optimalizace (studie vztahů struktury a aktivity, SAR) inhibitorů MTAN. Biologické vlastnosti připravených sloučenin budou hodnoceny ve spolupráci s dalšími výzkumnými skupinami.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:
Dále nabízena v programech:	Chemie ( výuka v českém jazyce ), Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Dr. habil. Ullrich Jahn
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Nedávno jsme objevili nové architektury P-chirálních ligandů, které byly úspěšně použity jako ligandy v asymetrické katalýze zlata. Obecně jsou fosfiny zároveň užitečnými organokatalyzátory v řadě reakcí. V rámci tohoto projektu bude prozkoumán potenciál našich P-chirálních fosfinů v asymetrické organokatalýze, jako jsou cykloadice, Michaelovy adice, allylové substituce nebo umpolungové reakce.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Léčiva a biomateriály ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	doc. RNDr. Martin Dračínský, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Tento doktorský projekt se zaměří na studium vlivu chemických modifikací na interakce mezi biomolekulami, zejména na vodíkové vazby. Práce propojí organickou syntézu cíleně upravených biomolekulárních stavebních bloků – například modifikovaných nukleosidů – s pokročilou NMR spektroskopií pro charakterizaci jejich interakcí. Hlavními cíli budou kvantitativní stanovení volných energií vazby a objasnění toho, jak konkrétní strukturální změny modulují sílu a selektivitu vazeb. Klíčovou metodickou součástí bude sledování tautomerních rovnováh a studium toho, jak jsou tyto rovnováhy posouvány mezimolekulovými vodíkovými vazbami, což umožní odvodit termodynamické parametry těchto interakcí. Projekt tak přispěje k hlubšímu pochopení vztahů mezi strukturou a interakcemi v biomolekulárních systémech a poskytne rámec pro racionální návrh biomolekul s upravenými vlastnostmi. Syntetická část projektu bude prováděna pod vedením prof. Andrea Brancale na VŠCHT.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:
Dále nabízena v programech:	Chemie ( výuka v českém jazyce ), Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Ing. Milan Vrábel, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

The project aims to design and synthesize diverse heterodienes, such as tetrazines, and triazium salts, and to study their reactivity with unactivated and strained dienophiles. The effect of different substituents on reaction kinetics and the compounds' potential for fluorogenic properties will be examined. The most promising candidates will be tested on model biological systems, including proteins (or other biomolecules) and cell cultures.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	prof. Ing. Michal Hocek, DSc.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Tématem disertace bude enzymová syntéza hypermodifikovaných xeno-nukleových kyselin a jejich využití v selekci aptamerů. Bude nutno vyvinout enzymovou syntézu modifikovaných XNA knihoven, selekci vazebných sekvencí, reverzní transkripci do DNA a sekvenaci. Cílem bude vývoj stabilních aptamerů vážících cílové molekuly (biomarkery, proteiny apod.).

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:
Dále nabízena v programech:	Chemie ( výuka v českém jazyce ), Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Dr. Emanuela Jahn
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Účinná a univerzální syntéza struktur bohatých na dusík vyžaduje neustálý vývoj, vzhledem k jejich významu pro medicínskou chemii a chemickou biologii. V tomto projektu zkoumáme syntetickou využitelnost stabilních N-heterocyklických radikálů s cílem objevit nový chemický prostor. Farmakologický profil syntetizovaných molekul bude hodnocen pomocí patch-clamp elektrofyziologie vápníkových iontových kanálů s cílem vyvinout nové molekuly s analgetickými vlastnostmi.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	RNDr. Ivo Starý, CSc.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Cílem projektu je příprava nových helikálních TADF a excimerových luminoforů odvozených od helicenů a studovat jejich chiroptické vlastnosti v roztoku a tenkých vrstvách (zejména cirkulárně polarizovanou luminiscenci) za účelem identifikace vhodných materiálů pro budoucí konstrukci CP-OLED.

Místo výkonu práce:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště:	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	prof. Ing. Michal Hocek, DSc.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Cílem práce bude syntetizovat PROTACy pro několik kináz, které jsou validovanými targety v onkologii a poruchách CNS. Zaměří se na optimalizaci linkerů, výběr ligandů ligáz a specificitu pro cílovou kinázu. Jako výchozí bod poslouží naše nedávno vyvinuté vysoce selektivní nízkomolekulární heterocyklické inhibitory kinas.