Ústav informatiky a chemie

Místo výkonu práce:	Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha
Garantující pracoviště:	Ústav informatiky a chemie
Studijní program/specializace:	Bioinformatika ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Ing. Martin Šícho, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Biologicky aktivní molekuly hrají klíčovou roli ve vývoji nových způsobů terapie a chemické biologii. Slouží především jako základ pro vývoj nových léčiv a vakcín. Biologicky aktivní molekuly, jako jsou např. protilátky, jsou racionálně navrženy tak, aby reagovaly se specifickými cílovými proteiny, modulovaly biologické dráhy a léčily nemoci, což činí jejich objev a optimalizaci ústředním cílem moderního farmaceutického výzkumu. Protilátkové léky a vakcíny závisí na tom, jak protilátky interagují s jejich cílovými proteiny. V poslední době se objevily modely proteinového jazyka jako nová výpočetní metoda pro pokrok v objevování terapeutických protilátek, protože dokáží efektivně předpovídat kritické charakteristiky epitopů a vazebné vztahy. S využitím modelů proteinového jazyka se tato disertační práce zabývá návrhem a vývojem protilátek se zvláštním zaměřením na zajištění toho, aby modely podporovaly praktické terapeutické aplikace. Z hlediska vývoje se projekt zaměří především na predikci hydrofobicity, autointerakce a termostability, což jsou důležité vlastnosti, které je třeba zvážit v preklinických fázích vývoje. Kromě toho budou vyvinuty generativní modely umělé inteligence (AI) pro cílově specifický návrh protilátek. Disertační práce se také zabývá konceptem detekce anomálií jako cestou k objevu neobvyklých a potenciálně užitečných kandidátů pro návrh protilátek.