Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT Web PhD  → Zájemci o doktorské studium → Doktorské studijní programy a vypsaná témata prací → Vypsaná témata disertačních prací → Výpis vypsaných témat disertačních prací
iduzel: 63416
idvazba: 75599
šablona: stranka
čas: 24.5.2024 14:49:31
verze: 5420
uzivatel:
remoteAPIs: https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/prace?weburl=/zajemci-o-phd/doktorske-programy/temata-disertacnich-praci
branch: trunk
Server: 147.33.89.153
Obnovit | RAW
iduzel: 63416
idvazba: 75599
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'phd.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/zajemci-o-phd/doktorske-programy/temata-disertacnich-praci/prace/druh/I/jazyk/cs/ustav/143'
iduzel: 63416
path: 1/50375/50376/51163/51210/667/52779/63416
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW

Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

Molekulární mechanismy odpovědi na environmentální stres v modelových buněčných systémech

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: RNDr. Pavel Rössner, Ph.D.

Anotace


Znečištění životního prostředí představuje celosvětový problém ovlivňující zdraví většiny obyvatelstva. Pro účinnou ochranu před negativními zdravotními dopady environmentálního znečištění je třeba detailně pochopit molekulární mechanismy vlivy polutantů na organismus. Cílem disertační práce bude vyhodnotit dopad znečištění ovzduší na celogenomovou expresi mRNA a epigenetické mechanismy (exprese miRNA, metylace DNA) v modelových lidských buněčných systémech v podmínkách in vitro. Modely plicní tkáně a nosní sliznice budou vystaveny vnějšímu ovzduší v lokalitách s různou mírou environmentálního znečištění a následně bude provedena detailní analýza mRNA expresních profilů a epigenetických změn. Práce by měla přispět k vytvoření detailního modelu popisujícího na molekulární úrovni reakce organismu na přítomnost polutantů v ovzduší.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

Ústav informatiky a chemie

Buněčná heterogenita nádorového mikroprostředí

Garantující pracoviště: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Ústav informatiky a chemie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace


Nádorové mikroprostředí výrazně ovlivňuje chování nádorů od jejich vzniku, přes proliferaci, až po vznik metastáz. Dizertační práce se bude zabývat heterogenitou buněčných typů přítomných v nádorovém mikroprostředí a heterogenitou buněk jednotlivých zastoupených typů, například nádorově asociovaných fibroblastů, a to pomocí funkčně genomických postupů na celogenomové úrovni a na úrovni jednotlivých buněk. Výsledky analýz budou statisticky zpracovány a interpretovány v kontextu buněčných signálních drah s cílem nalézt nové nádorové markery či terapeutické cíle.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha

Epigenetické změny při nádorových onemocněních

Garantující pracoviště: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Ústav informatiky a chemie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Anotace


Nádorové mikroprostředí výrazně ovlivňuje chování nádorů od jejich vzniku, přes proliferaci až po vznik metastáz. Epigenetické změny, které jsou velmi často pozorovány u nádorových buněk, velmi pravděpodobně ovlivňují i chování ostatních komponent nádorového mikroprostředí, například nádorově asociovaných fibroblastů. Dizertační práce se bude zabývat epigenetickými změnami v buňkách nádorového mikroprostředí, popisem změn v přístupnosti chromatinu na celogenomové úrovni, jejich statistickým zpracováním a interpretací změn v kontextu buněčných signálních drah s cílem nalézt nové nádorové markery či terapeutické cíle.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha

Integrace molekulového dokování s de novo návrhem molekul

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Martin Šícho, Ph.D.

Anotace


Tento projekt se zaměřuje na prozkoumání integrace molekulového dokování do de novo návrhu molekul. Projekt si klade za cíl překonat omezení současných metod počítačového návrhu léčiv, které často zápasí s obrovským chemickým prostorem a potřebou efektivní optimalizace navrhovaných sloučenin. Projekt adresuje výzvu po rozšíření chemického prostoru kombinací molekulového dokování s generativními modely založenými na hlubokém učení. Cílem takové integrace je zvýšení kvality generovaných molekul, které mají optimální 3D vazebnou afinitu vzhledem k svému biologickému cíli. Výzkum bude stavět na existujících technikách, jako je posilované učení (reinforcement learning), variační autoenkodéry, rekurentní neuronové sítě nebo transformery. Tímto způsobem si projekt klade za cíl výrazně zkrátit čas a snížit náklady spojené s vývojem léčiv. Konečným cílem tohoto projektu je vyvinout robustní generativní model založený na hlubokém učení, který může zefektivnit proces návrhu léčiv jak z hlediska nákladů, tak z hlediska časové náročnosti.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha

Interpretovatelná umělá inteligence v návrhu léčiv

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Martin Šícho, Ph.D.

Anotace


Projekt se zaměřuje na aplikaci interpretovatelné umělé inteligence (explainable artificial intelligence, XAI) v oblasti počítačového návrhu léčiv. Cílem projektu je vyvinout nové metodologie, které učiní rozhodovací procesy AI modelů používaných pro návrh léčiv transparentnějšími a srozumitelnějšími. V rámci projektu bude zkoumáno, jak může XAI zlepšit spolehlivost prediktivních AI modelů. Významným aspektem výzkumu bude integrace přístupů XAI s existujícími algoritmy návrhu léčiv za účelem zvýšení jejich interpretovatelnosti. Projekt usiluje o překlenutí propasti mezi pokročilými technikami AI a praktickými farmaceutickými aplikacemi, podporujíc tak efektivnější a informovanější návrh léčiv.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha

Metody umělé inteligence v počítačovém návrhu léčiv

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Martin Šícho, Ph.D.

Anotace


Cílem práce je prozkoumat využití metod umělé inteligence pro optimalizaci chemických a biologických vlastností nově navržených molekul. Navrhovaný výzkum se zaměří na vývoj výpočetního rámce, který kombinuje různé metody umělé inteligence pro generování struktur nových potenciálně biologicky aktivních sloučenin s požadovanými vlastnostmi. Projekt bude zahrnovat generování velkých datových sad molekul a implementaci různých postupů umělé inteligence pro prediktivní modelování a optimalizaci. Cílem této práce je poskytnout systematický a efektivní přístup k návrhu nových látek s optimalizovanými vlastnostmi, což by mohlo potenciálně urychlit proces objevování a vývoje léčiv.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha

Zlepšení návrhu léčiv pomocí umělé inteligence a nukleární magnetické rezonance

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.

Anotace


V tomto průmyslovém doktorském projektu se kandidát připojí k dynamickému týmu na pomezí cheminformatiky, umělé inteligence (AI) a nukleární magnetické rezonance (NMR) se zaměřením na návrh léčiv. Úloha zahrnuje vylepšení komponent NMR-AI platformy AI|ffinity pro virtuální screening, objevování hitů a optimalizaci leadů. Tento úkol zahrnuje vývoj inovativních softwarových řešení pro jednu nebo více z následujících aplikací: 1. Vylepšení 2D molekulárních reprezentací pro posílení přesnosti virtuálního screeningu založeného na ligandech s využitím 1D NMR screeningových spekter. 2. Zlepšení algoritmů pro optimalizaci leadů založených na umělé inteligenci, které využívají 1D NMR omezení. 3. Inovace v algoritmech pro de novo návrh léčiv s využitím informací o ligandových epitopech z 1D NMR screeningových experimentů. Projekt nabízí praktické využití těchto nástrojů při objevování léčiv v reálném světě ve spolupráci s AI|ffinity a jejími partnery a zahrnuje mezinárodní průmyslovou stáž pro globální expozici a poznatky, které přímo přispívají k vývoji léčiv.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha

Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.

Populační genomika starověké DNA: detekce populační substruktury v lidských populacích

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: RNDr. Edvard Ehler, Ph.D.

Anotace


Rozvoj technologií starověké DNA (aDNA) v posledních letech dal vzniknout obrovskému množství vzorků lidského genomu, zejména z prehistorické Evropy. Většina známých vzorků pochází z prvních čtyř tisíciletí před naším letopočtem, období popisovaných jako neolit, doba bronzová a doba železná na základě souvisejících archeologických nálezů. Tyto populace jsou popsány především pomocí jejich kulturních rysů (archeologických nálezů, např. keramiky, pohřebnictví, příprava potravy, technologie). Biologický vztah mezi různými populacemi žijícími v té době se teprve začíná odhalovat. Doktorand/ka bude asistovat při bioinformatickém zpracování genomových vzorků aDNA (v rámci oceněného mezinárodního grantového projektu CZ-PL Weave) se zaměřením na populace z doby bronzové a železné ze střední Evropy. Získaná genomická data budou využita v hlavním cíli navrhovaného doktorského projektu – otestovat různé metody detekce populační substruktury a podobností a identifikaci populačních příměsí nebo izolačních událostí. Zájemce o pozici bude vyzván, aby otestoval různé metody populační genetiky, stejně jako moderní techniky snižování rozměrů a strojového učení a přístupy k popisu a pochopení genomických dat na úrovni populace. To by nám mělo umožnit lépe rozpoznat genetické pozadí cílových populací, odhadnout tok genů mezi nimi a tím i regionální variabilitu a pomoci nám zjistit jejich sociální strukturu, sňatkové vzorce a identifikovat možné migrace.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Aktualizováno: 16.2.2022 00:25, Autor: Jan Kříž

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČ: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi