Ústav chemie přírodních látek

Místo výkonu práce:	Ústav chemie přírodních látek, FPBT, VŠCHT Praha
Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Ing. Michal Jurášek, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Látky cílící na mikrotubuly (MTA) patří mezi klinicky používaná léčiva v onkologii. Jejich potenciál je však omezen účinky mimo cíl a proměnlivou účinností spojenou s diverzitou izotypů tubulinu. Tato dizertační práce si klade za cíl vývoj funkčních chemoproteomických nástrojů pro mapování izotypově specifických interakcí mimo mikrotubulární síť pěti klíčových MTA: epothilonu B, eribulinu, kolchicinu, paklitaxelu a vinblastinu. Pomocí nových bifunkčních sond nesoucích diazirin (pro fotoafinitní značení) a alkyn (pro click chemii) bude možné identifikovat interakce léčivo-protein ve vysokém rozlišení. Značení MTA bude provedeno pomocí tradičních konjugačních technik používaných v medicinální chemii. Syntetická část bude rozdělena do pěti přístupů (5 MTA). V každém z nich očekáváme syntézu dvou až pěti nových derivátů. Jako podpůrné nástroje budou syntetizována a biologicky vyhodnocena i fluorescenční analoga studovaných MTA. Náš integrativní přístup, kombinující zobrazování živých buněk, proteomickou hmotnostní spektrometrii a „cell-painting“ odhalí, jak MTA interagují s cíli v různých buněčných modelech. Pilotní data ukazují neočekávané a na mikrotubulech nezávislé účinky MTA spojené s intracelulárními membránami. I to zdůrazňuje potřebu hlubšího proteomického vhledu. Výsledkem této práce budou nové nástroje pěti MTA pro mapování jejich specificity izotypu tubulinu a off-targetů pomocí chemoproteomiky, zobrazování a fenotypového profilování. Věříme, že tento přístup pomůže odhalit další mechanismy účinku, okolnosti rezistence a může směřovat k racionálnímu návrhu a opětovnému využití léčiv.

Místo výkonu práce:	Ústav chemie přírodních látek, FPBT, VŠCHT Praha
Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek
Studijní program/specializace:
Dále nabízena v programech:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce ), Biochemistry and Bioorganic Chemistry ( výuka v anglickém jazyce )
Školitel:	doc. Ing. Kamil Parkan, Ph.D.
Předpokládaná forma studia:	Prezenční
Předpokládaný způsob financování:	Stipendium + mzda

Anotace

Sacharidy jsou klíčové biomolekuly, které hrají zásadní roli v různých biologických procesech, jako je buněčná signalizace, adheze, rozpoznávání a mezibuněčná komunikace. V kontextu biomedicíny představují sacharidy a jejich deriváty důležité cíle pro vývoj nových terapeutických látek. Glykomimetika jsou syntetická analoga sacharidů, která napodobují jejich biologické funkce, avšak na rozdíl od přírodních sacharidů jsou stabilní vůči chemické a enzymatické hydrolýze, což zvyšuje jejich terapeutický potenciál a použitelnost. Cílem tohoto doktorského projektu je navrhnout, syntetizovat a charakterizovat nové struktury glykomimetik s potenciálním využitím v cílené terapii a diagnostice. Důraz bude kladen na vývoj sloučenin s vysokou specifitou a afinitou k receptorům zapojeným do patologických procesů, jako jsou záněty, infekce a nádorové bujení. Finální glykomimetika budou podrobena biologickému testování za účelem stanovení jejich terapeutického a diagnostického potenciálu. Téma je určeno primárně pro absolventy chemických a farmaceutických oborů. Student během projektu získá hluboké znalosti v oblasti organické syntézy, technik separace a purifikace a osvojí si moderní metody strukturní analýzy (NMR, MS, HPLC). Součástí práce bude i základní biologické hodnocení syntetizovaných látek.