idvazba: 78753
šablona: stranka
čas: 21.9.2024 03:23:31
verze: 5476
uzivatel:
remoteAPIs: https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/program?weburl=/home/pro-doktorandy/nabidka-predmetu
branch: trunk
Server: 147.33.89.150
Obnovit | RAW
idvazba: 78753
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'phd.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/home/pro-doktorandy/nabidka-predmetu/program/22310/D104'
iduzel: 65654
path: 1/50375/50376/51163/51164/17704/65652/65654
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW
Bioinformatika
Doktorský program,
Fakulta chemické technologie
Cílem DSP programu Bioinformatika je vychovat odborníky ve stejnojmenné vědní disciplíně, která je skloubením molekulární a buněčné biologie, biochemie, statistiky a počítačové vědy. Bioinformatika se zabývá vývojem nástrojů pro správu biologických databází, algoritmů pro zpracování molekulárně-biologických dat a metod pro analýzu, interpretaci a vyhledávání vztahů v těchto datech. U většiny řešených projektů je kladen důraz na biologickou stránku věci a jejich cílem je pochopení komplexních souvislostí ve studovaných biologických jevech. Řešíme však i témata orientovaná informatickým směrem z oblasti vývoje algoritmů či metod zpracování dat. UplatněníKombinace přírodovědného a informatického vzdělání dává absolventům DSP Bioinformatika dobré předpoklady uplatnit se v interdisciplinárních týmech. Absolventi naleznou uplatnění v široké škále oblastí, kde se zpracovávají data získaná instrumentální analýzou biologického vzorku. Při odchodu do praxe se mohou absolventi též opřít o širokou znalost informatiky a uplatnit se při vývoji softwarových technologií především pro oblast datové analytiky. Další uplatnění naleznou absolventi ve vědeckých infrastrukturách budovaných v ČR v rámci evropských operačních programů. Vzhledem k trvajícímu nedostatku expertů s takto koncipovaným interdisciplinárním vzděláním i mimo ČR se absolventi dobře uplatní také v zahraničí. Typické pozice, jež může zastávat absolvent DSP Bioinformatika: - výzkumník základního či aplikovaného výzkumu veřejného či soukromého sektoru v oblasti biomedicíny, klinické medicíny, medicinální a farmaceutické chemie, potravinářství, zemědělství, biotechnologií či kriminalistiky. Typické pozice jsou postdoc, programátor, research associate, research fellow, project leader, project manager. - vysokoškolský pedagog v oblasti bioinformatiky, výpočetní biologie a chemie nebo aplikované informatiky. Typické pozice jsou odborný asistent, asistent, lektor. - softwarový vývojář či datový analytik v IT firmách. - odborné pracovní pozice, které vyžadují organizační a analytické schopnosti a odbornou expertizu nejenom v bioinformatických oborech. Typické pracovní pozice zahrnují státní správu na nejvyšších manažerských úrovních, organizace, které se metodicky a organizačně věnují vědě a výzkumu, případně neziskové a osvětové organizace. Detaily programu
Vypsané disertační práce pro rok 2022/23Genetická rekombinace a reprodukční izolace na modelu Mus musculus
AnotaceCílem navrhovaného dizertačního projektu je objasnit epistatické interakce PRDM9 histon metyltransferázy s X-vázaným genetickým faktorem Hstx2 v meiotické rekombinaci a samčí neplodnosti mezi-poddruhových hybridů. Naše laboratoř identifikovala Prdm9 jako první gen obratlovců, který se účastní reprodukční izolace mezi druhy. PRDM9 protein predeterminuje meiotické rekombinační hotspoty uvnitř druhu k zajštění crossing-overů, chromozomálního párování a diferenciace pohlavních buněk, ale u mezdruhových hybridů tentýž gen zapřičiňuje meiotickou zástavu a hybridní sterilitu prostřednicvím persistence DNA dvojřetězcových zlomů, poruchy rekombinace a následnou poruchou párování chromozomů. Proces je modulován Hstx2 genetickým faktorem lokalizovaným v 2.7 Mb intervalu chromozomu X. Hlavním úkolem projektu je identifikovat genomickou sekvenci odpovědnou za Hstx2 efekt s použitím panelu bioinformatických nástrojů pro mRNA expresní profilování pomocí Next generation RNA sequencing (RNA-seq), pro sekvenaci imunoprecipitovaného chromatinu (ChIP-seq) a pro mapování lokusů kvantitativních znaků (QTL).
kontaktujte vedoucího práce
Místo výkonu práce:
Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha
Vliv používání zastaralých chemických sloučenin na bioaktivitní data
AnotaceVysoce kvalitní chemické sloučeniny, jako jsou chemické sondy (angl. chemical probes), se běžně používají ke studiu funkce genů, validaci molekulárních cílů nebo k rozboru komplexních procesů v buňkách a organismech. Při použití v rámci biologického experimentu je výběr kvalitní chemické sloučeniny zásadním krokem, který má velký vliv na jeho výsledek. Ukázalo se, že mnohé z těchto látek, které byly dříve považovány za účinné a selektivní, jsou buď 1) promiskuitní, schopné vázat se na desítky nebo dokonce stovky cílů, nebo 2) interferují s testem a poskytují tak neplatné informace o zkoumaném biologickém systému. Data získaná pomocí těchto sloučenin jsou náchylná k nepřesnostem nebo jsou zcela nesprávná, ale přesto se jich stále produkuje velké množství. Následkem toho jsou vynakládány obrovské prostředky na biologické experimenty založené na chybných předpokladech, stejně jako na rozšíření těchto dat do výpočetních modelů, a tedy na jejich zkreslování. Cílem tohoto projektu je analyzovat současný stav na poli referenčních sloučenin používaných v rámci biologických experimentů, vytvoření pracovního postupu pro odhalování zastaralých sloučenin a souvisejících nesprávných dat, a vývoj uživatelsky přívětivých aplikací pro výběr správných látek pro konkrétní molekulární cíl.
kontaktujte vedoucího práce
Místo výkonu práce:
Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha
|