Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel

Bioinformatics

Bioinformatics

Doktorský program, Fakulta chemické technologie

The aim of the DSP programme is to educate specialists in bioinformatics, which is a combination of molecular and cell biology, biochemistry, statistics and computer science. Bioinformatics deals with the development of tools for the management of biological databases, algorithms for the processing of molecular-biological data and methods for the analysis and interpretation of relationships in these data. Most of the projects are biologically oriented with the aim to understand the complex context in the studied biological phenomena. However, we also run IT-oriented topics that include the development of algorithms or data processing methods.

Uplatnění

The combination of the education in natural sciences and informatics qualifies graduates to work in interdisciplinary teams. Graduates will find employment in a wide range of areas where data obtained by instrumental analysis of biological samples are processed. Graduates can also rely on a broad knowledge of informatics and can be successful in the development of software technologies, especially for data analytics. Graduates will further find employment in scientific infrastructures built in the Czech Republic within the framework of European operational programs. Due to the persisting lack of experts with an interdisciplinary education, graduates will also be easily employable outside the Czech Republic. Typical positions that DSP Bioinformatics graduate can hold: - researcher in basic or applied research in the public or private sector in the fields of biomedicine, clinical medicine, medical and pharmaceutical chemistry, food, agriculture, biotechnology or forensic science. Typical positions are postdoc, programmer, research associate, research fellow, project leader, project manager. - university lecturer in bioinformatics, computational biology, computational chemistry or applied informatics. Typical positions are assistant professor, assistant, lecturer. - software developer or data analyst in IT companies. - professional positions that require organizational and analytical skills and expertise not only in bioinformatics. Typical job positions include state administration at the highest management levels, organizations that are methodologically and organizationally engaged in science and research or non-profit and educational organizations.

Detaily programu

Jazyk výuky anglický
Standardní doba studia 4 roky
Forma studia kombinovaná , prezenční
Garant studia prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
Místo studia Praha
Kapacita 8 studentů
Kód akreditace (MŠMT kód) P0588D030010
VŠCHT kód AD107
Počet vypsaných témat 4

Vypsané disertační práce pro rok 2025/26

Bionformatika pro integrativní omiku v klinickém výzkumu

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Školitel: Mgr. Tatyana Kobets, Ph.D.

Anotace


Propojení klinického a základního výzkumu má zásadní význam pro lepší pochopení a léčbu kardiovaskulárních onemocnění, včetně srdeční arytmie, hypertenze a dalších poruch vedoucích k srdečnímu selhání. Tento doktorský projekt se zaměřuje na vývoj výpočetních pipeline pro integraci genové exprese, proteomiky a metabolomických dat s využitím R, Pythonu a pokročilých statistických metod. Cílem je vytvořit uživatelsky přívětivé a robustní pracovní postupy, které umožní bezproblémovou analýzu a interpretaci souborů omických dat v klinickém prostředí. Tento projekt, založený na biopsiích, lidských vzorcích a rozsáhlých a unikátních souborech omických dat, představuje spolupráci mezi vědeckým ústavem (FGÚ) a centrem klinického výzkumu (IKEM) v Praze. Tato pozice na plný úvazek v FGU, financovaná konsorciem CarDia (https://cardia.ikem.cz/en/home ), nabízí příležitost přispět k translačnímu výzkumu s reálným klinickým dopadem.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.

Integrované přístupy pro metabolomiku a lipidomiku založené na datech s využitím strojového učení a biochemických sítí

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Školitel: RNDr. Ondřej Kuda, Ph.D.

Anotace


Tento doktorský projekt se zaměřuje na pokrok v integraci metabolomiky a lipidomiky za účelem odhalení regulací komplexních biochemických sítí a metabolické dynamiky. Studie využívá nejmodernější techniky zpracování dat, výpočetní nástroje a algoritmy strojového učení k získání užitečných poznatků z rozsáhlých fluxomických datových souborů. Budou vyvinuty pipelines v Pythonu, které standardizují předzpracování dat, extrakci informací o metabolitech a jejich analýzu, a zároveň zahrnují modely strojového učení pro shlukování sítí, klasifikaci a prediktivní modelování metabolických drah. Projekt klade důraz na mezioborové přístupy a spojuje odborné znalosti z biochemie, bioinformatiky a datové vědy s cílem vytvořit robustní nástroje pro pochopení metabolických systémů. Očekává se, že výsledky přispějí k personalizované medicíně, metabolickému inženýrství a systémové biologii a nabídnou vědecké komunitě nové metodiky a softwarové nástroje. Práce bude probíhat v FGÚ AV ČR, kde se nachází servisní laboratoř metabolomiky a proteomiky. Práce je finančně zajištěna materiálně i úvazkem. Předpokladem úspěchu je znalost programovacích jazyků pro práci s daty (Python), základy biochemie (metabolity, dráhy, buněčné kompartmenty) a přehled v oborech omiky.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.

Modelování katalytických mechanismů terpensyntáz pomocí hlubokého učení

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Školitel: Mgr. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace


Cílem projektu je umožnit výpočetní charakterizaci a inženýrství terpensyntáz, důležité třídy biosyntetických enzymů, které vytváří chemické kostry největší známé skupiny přírodních látek, terpenoidů. Projekt má tři cíle: 1. Sestavení komplexní databáze popisující dosud charakterizované reakční mechanismy terpensyntáz. 2. Vývoj modelu hlubokého učení s využitím transformátorových neuronových sítí pro predikci substrátů, produktů a reakčních mechanismů terpensyntáz přímo z jejich aminokyselinových sekvencí. 3. Vývoj generativního algoritmu pro návrh umělých terpensyntáz s požadovanou funkcí.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Výpočetní hmotnostní spektrometrie

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Školitel: Mgr. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace


Naše laboratoř kombinuje experimentální (hmotnostní spektrometrie, metabolomika a RNA-seq) a výpočetní (bioinformatika a strojové učení) přístupy pro objevování nových bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Cílem tohoto projektu bude vývoj výpočetních metod pro procesování a interpretaci dat z hmotnostní spektrometrie malých molekul, zejména automatických technik pro interpretaci hmotnostních spekter, pro anotaci molekul a pro generování a vizualizaci molekulárních sítí. Kandidáti na tuto pozici byl měli být schopni samostatného programování v jazycích Java a Python.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Aktualizováno: 25.8.2022 15:42, Autor: Jan Kříž

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČ: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi