Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
iduzel: 65654
idvazba: 78753
šablona: stranka
čas: 28.5.2023 16:10:43
verze: 5263
uzivatel:
remoteAPIs: https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/program?weburl=/home/pro-doktorandy/nabidka-predmetu
branch: trunk
Server: 147.33.89.153
Obnovit | RAW
iduzel: 65654
idvazba: 78753
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'phd.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/home/pro-doktorandy/nabidka-predmetu/program/22310/AD107'
iduzel: 65654
path: 1/50375/50376/51163/51164/17704/65652/65654
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW

Bioinformatics

Bioinformatics

Doktorský program, Fakulta chemické technologie

The aim of the DSP programme is to educate specialists in bioinformatics, which is a combination of molecular and cell biology, biochemistry, statistics and computer science. Bioinformatics deals with the development of tools for the management of biological databases, algorithms for the processing of molecular-biological data and methods for the analysis and interpretation of relationships in these data. Most of the projects are biologically oriented with the aim to understand the complex context in the studied biological phenomena. However, we also run IT-oriented topics that include the development of algorithms or data processing methods.

Uplatnění

The combination of the education in natural sciences and informatics qualifies graduates to work in interdisciplinary teams. Graduates will find employment in a wide range of areas where data obtained by instrumental analysis of biological samples are processed. Graduates can also rely on a broad knowledge of informatics and can be successful in the development of software technologies, especially for data analytics. Graduates will further find employment in scientific infrastructures built in the Czech Republic within the framework of European operational programs. Due to the persisting lack of experts with an interdisciplinary education, graduates will also be easily employable outside the Czech Republic. Typical positions that DSP Bioinformatics graduate can hold: - researcher in basic or applied research in the public or private sector in the fields of biomedicine, clinical medicine, medical and pharmaceutical chemistry, food, agriculture, biotechnology or forensic science. Typical positions are postdoc, programmer, research associate, research fellow, project leader, project manager. - university lecturer in bioinformatics, computational biology, computational chemistry or applied informatics. Typical positions are assistant professor, assistant, lecturer. - software developer or data analyst in IT companies. - professional positions that require organizational and analytical skills and expertise not only in bioinformatics. Typical job positions include state administration at the highest management levels, organizations that are methodologically and organizationally engaged in science and research or non-profit and educational organizations.

Detaily programu

Jazyk výuky anglický
Standardní doba studia 4 roky
Forma studia kombinovaná , prezenční
Garant studia
Místo studia Praha
Kapacita 8 studentů
Kód akreditace (MŠMT kód) P0688D03A1176
VŠCHT kód AD107
Počet vypsaných témat 8

Vypsané disertační práce pro rok 2023/24

Celogenomové mapování míst tvorby genotoxických meziproduktů vznikajících při kolizích replikačních a transkripčních komplexů

Garantující pracoviště: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Školitel: RNDr. Jana Dobrovolná, Ph.D.

Anotace


Bylo zjištěno, že aktivované onkogeny v lidských přednádorových lézích způsobují zastavení a kolaps replikačních vidlic, což vede ke genetické nestabilitě a vývoji rakoviny. Navrhovaný projekt ověřuje hypotézu, že replikační stres vyvolaný aktivací onkogenů je důsledkem interference mezi transkripcí a replikací způsobující tvorbu RNA:DNA hybridů, které mají genotoxické účinky. Náplní projektu je za spolupráce biologů s bioinformatiky: (i) identifikovat místa v genomu, kde se tvoří R-smyčky v podmínkách onkogeny indukovaného replikačního stresu; (ii) určit základní charakteristiky těchto míst; (iii) zjistit, zda aktivace onkogenů je spojena s tvorbou RNA:DNA hybridů ve fragilních úsecích chromosomů, jenž preferenčně vykazují nestabilitu za těchto podmínek; (iv) zjistit, zda se místa tvorby R-smyček překrývají s místy genomových translokací a deleci detekovaných ve zhoubných nádorech.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Interaktom sestřihových isoforem ABI2 v signálních drahách ABA

Garantující pracoviště: Ústav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.
Školitel: Dr. Kamil Růžička

Anotace


Kyselina abscisová (ABA) je důležitým rostlinným hormonem, který se podílí na reakci na stres a další environmentální podněty. Transkriptomické studie odhalily, že většina rostlinných genů podléhá alternativnímu sestřihu (AS). Mnoho alternativních transkriptů kóduje zkrácené, dominantně negativních izoformy proteinů, které interferují s následnými biochemickými a biologickými procesy. Gen ABI2, ústřední prvek signální dráhy ABA, se vyznačuje fyziologicky relevantním, evolučně konzervovaným AS, který vede k retenci posledního intronu. Naše předběžná data naznačují, že AS mění schopnost proteinu ABI2 selektivně vázat některé z jeho dříve popsaných proteinových interaktorů, včetně komponent prototypické signální dráhy ABA. Spojením expertízy z genetiky, bioinformatiky, interaktomiky a strukturní biofyziky bude snahou vytvořit mechanistický model, který popíše způsob interakce kanonické a dominantně negativní sestřihové varianty ABI2 s dalšími proteiny signální kaskády ABA. V rámci našeho malého nadšeného týmu budeme také studovat fyziologické aspekty spojené s touto sestřihovou událostí s ohledem na pozorování získaných při studiu těchto protein-proteinových interakcích. Materiální a osobní náklady jsou financovány projektem GAČR.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.

Mapování metabolomu na metabolické dráhy

Garantující pracoviště: Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.
Školitel: RNDr. Ondřej Kuda, Ph.D.

Anotace


Metabolomika poskytuje informace o koncentracích metabolitů a je funkčně nejblíže biologickým projevům genomu a proteomu. Ač na sebe jednotlivé omiky logicky navazují, z pohledu integrace dat je každá tato vědní oblast na jiné úrovni poznání. Cílem práce je vyvinout specifický přístup, kterým budou zpracovávána metabolomická data (anotace a koncentrace metabolitů) do strojově zpracovatelného formátu (standardizované identifikátory) a jejich následná integrace s proteomickými a genomickými daty. Součástí práce je pochopení konceptu LC-MS metabolomiky, anotování metabolitů dle databází, práce s identifikátory metabolitů na různých úrovních identifikace (sumární vzorec, přesná struktura,...), programování skriptů a aplikací v Pythonu, vizualizace metabolických drah z databází i dle vlastních návrhů. Pomocí výsledné metodiky budou zpracovány omické projekty založené na klinických studiích i zvířecích modelech získané rámci spolupráce pracovišti u nás i v zahraničí. Práce bude realizována na FGÚ AV ČR, kde se náchází metabolomická i proteomická servisní laboratoř. Práce je finančně zajištěna z pohledu materiálu i úvazku. Předpokladem úspěchu je znalost programovacích jazyků pro práci s daty (Python), základy biochemie (metabolity, dráhy, buněčné kompartmenty) a přehled v omických disciplínách.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Molekulární a buněčné mechanismy působení přírodních léčivých minerálních vod

Garantující pracoviště: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Školitel: Mgr. Peter Dráber, Ph.D.

Anotace


Přírodní léčivé minerální vody (PLMV) včetně Vincentky jsou extenzivně využívány pro vnitřní balneologii. Ačkoliv Vincentka se používá pro léčbu chorob respiračního systému, alergií a zánětlivých onemocnění, buněčné a molekulární mechanismy jejího působení nejsou známy. Naše pilotní experimenty ukázaly, že sole Vincentky inhibují aktivaci žírných buněk, které jsou iniciátory alergií a dalších zánětlivých reakcí. Sole Vincentky přitom neovlivňovaly životnost buněk. Cílem projektu je poznat molekulární a buněčné mechanismy působení Vincentky na myší a lidské buňky in vitro a na myší buňky in vivo. Pro analýzu působení Vincentky na aktivace buněk in vitro bude využita celá řada moderních experimentálních přístupu včetně analýzy metabolomiky buněk, hmotnostní spektrometrie pro analýzu proteinů a lipidů a analýzu globální exprese genů s využitím moderních sekvenačních metod a bioinformatiky. V experimentech in vivo budou analyzovány alergické a zánětlivé reakce myší, které pijí Vincentku nebo vodovodní vodu. Získané výsledky přispějí k vědecky podloženému mechanismu působení Vincentky na buněčné a molekulární úrovni a vytvoří preklinickou znalostní platformu pro nové léčebné možnosti PLMV.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Molekulární mechanismy odpovědi na environmentální stres v modelových buněčných systémech

Garantující pracoviště: Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.
Školitel: RNDr. Pavel Rössner, Ph.D.

Anotace


Znečištění životního prostředí představuje celosvětový problém ovlivňující zdraví většiny obyvatelstva. Pro účinnou ochranu před negativními zdravotními dopady environmentálního znečištění je třeba detailně pochopit molekulární mechanismy vlivy polutantů na organismus. Cílem disertační práce bude vyhodnotit dopad znečištění ovzduší na celogenomovou expresi mRNA a epigenetické mechanismy (exprese miRNA, metylace DNA) v modelových lidských buněčných systémech v podmínkách in vitro. Modely plicní tkáně a nosní sliznice budou vystaveny vnějšímu ovzduší v lokalitách s různou mírou environmentálního znečištění a následně bude provedena detailní analýza mRNA expresních profilů a epigenetických změn. Práce by měla přispět k vytvoření detailního modelu popisujícího na molekulární úrovni reakce organismu na přítomnost polutantů v ovzduší.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

Objasnění úlohy proteinu PML v udržování stability ribosomální DNA v normálních a nádorových buňkách

Garantující pracoviště: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Školitel: Ing. Pavla Vašicová, Ph.D.

Anotace


PML je multifunkční protein regulující mimo jiné apoptózu a buněčnou senescenci. Účastní se oprav poškození DNA pomocí homologní rekombinace a je nezbytnou složkou alternativního prodlužování telomer. Nedávné nálezy naznačují, že by exprese PML mohla přispívat k udržování stability ribozomální DNA (rDNA). Geny kódující lidskou rDNA jsou umístěny v tandemových sekvecích na krátkém raménku akrocentrických chromozomů 12, 13, 14, 21 a 22. Předpokládá se, že jejich opakující se povaha činí tuto oblast náchylnou k přeskupování a tím přispívá k nestabilitě genomu vedoucí ke stárnutí včetně rozvoje a progrese nádorových onemocnění. Primárním cílem projektu je objasnit změny v rDNA, které indukují asociaci PML s jadérkem, místem lokalizace a transkripce rDNA genů, a identifikovat roli kompartmentu PML při udržování stability rDNA. Nejúčinnějším induktorem PML-jadérkové asociace je kombinace inhibitorů RNA polymerázy I a topoizomeráz, látek používaných či testovaných v terapii rakoviny. Charakterizace specifického poškození rDNA a objasnění mechanizmů, které jsou zapojeny do jeho oprav, by proto mohlo pomoci přispět k účinnějším přístupům v terapii rakoviny. Součástí projektu je návrh a využití moderních sekvenačních metod k identifikaci charakteru poškození rDNA, které vedou ke vzniku PML-jadérkového kompartmentu. Navrhnuté technologie by se dále využily k charakterizaci změn v rDNA u různých typů nádorových onemocnění a během stárnutí.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Objevování biosyntetických genů v léčivých rostlinách

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Školitel: Mgr. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace


Naše laboratoř kombinuje nejnovější experimentální (např. hmotnostní spektrometrie, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy a vyvíjí rychlé, obecně použitelné postupy pro objevování a využití bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Hledáme talentovaného studenta pro vývoj platformy transXpress (https://github.com/transXpress/transXpress/), vytváření de novo transkriptomů, a pro objevování nových genů v léčivých rostlinách.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Úloha buněčné senescence v patogeneze lidského glioblastomu

Garantující pracoviště: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Školitel: MUDr. Zdeněk Hodný, CSc.

Anotace


Glioblastom je nejzávažnější formou rakoviny lidského mozku. Intenzivní terapie zahrnující chirurgické odstranění nádoru kombinovaného s radiochemoterapií prodlužuje medián přežití ze 3-4 měsíců od stanovení diagnózy na pouhých 15 měsíců. Důvodem návratu onemocnění je značná heterogenita glioblastomu a nástup rezistence vůči terapii. Jedním z uvažovaných faktorů přispívajících k patogeneze glioblastomu a rozvoji rezistence je buněčná senescence. Buněčná senescence je charakteristická odpověď buněk na různé stresové stimuly včetně poškození DNA vyvolaného radiochemoterapií. Ačkoliv zástava buněčného cyklu spojená se senescencí působí jako primární protinádorová bariéra, sekretom senescentních buněk (senescence-associated secretory phenotype, SASP) moduluje tkáňové mikroprostředí a je považován za adverzivní faktor přispívající k procesům spojeným se stárnutím včetně nádorových onemocnění. Složení SASP je závislé na typu stresového stimulu indukujícího senescenci, typu buněk a jejich vzájemnými interakcemi. U nádorových onemocnění mohou složky SASP podporovat maligní vlastnosti rakovinných buněk, včetně proliferace, migrace a invazivity, kmenových vlastností buněk a jejich diferenciace, odolnost vůči buněčné smrti a terapii. Nedávné nálezy ukazují, že přítomnost senescentních buněk u glioblastomu negativně koreluje s prognózou onemocnění. Nicméně konkrétní molekulární mechanismy, kterými senescentní buňky přispívají k patogenezi glioblastomu, nejsou známy. Cílem projektu je s využitím organoidových modelů mozku sledovat pomocí transkripčního profilování parakrinní vliv senescentních buněk indukovaných radiochemoterapií na modulaci fenotypu sousedících nádorových nebo normálních buněk, následně tyto in vitro získané výsledky korelovat s klinickými daty a identifikovat tak specifické mechanismy, kterými senescentní buňky podporují patogenezi glioblastomu.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.
Aktualizováno: 25.8.2022 15:42, Autor: Jan Kříž

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČ: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi